La universidad adeudaba 9,445,291 bolivianos al cierre del ejercicio 2013, distribuidos principalmente en 6,026,738 bolivianos por concepto de deuda al Instituto de Pensiones Sociales de la Universidad Católica de La Paz (Ipspuco), 1,818,201 bolivianos por nomina y personal, y 1,600,352 bolivianos por servicios generales.