Formatear una memoria flash elimina todos los archivos y directorios para dejar la memoria lista para almacenar nuevos archivos. Existen diferentes formatos como FAT32, exFAT y NTFS que determinan el tamaño máximo de archivos y la compatibilidad con diferentes sistemas operativos como Windows y Mac. El usuario debe seleccionar el formato adecuado dependiendo del uso que le dará a la memoria flash.