La introducción de cada juego de Assassin's Creed cuenta una historia para situar al jugador en el contexto del juego. En el primer juego se presenta a Desmond Miles y Altaïr, y cómo funciona el Animus. En el segundo juego, Desmond escapa de Abstergo y experimenta la vida de Ezio Auditore de Florencia. En los juegos posteriores, se continúa la historia de Ezio y también se introduce a nuevos protagonistas como Connor Kenway, mientras que la historia de Desmond llega a su conclusión.