1. Los hombres de negro son un alto organismo secreto que supervisa y dirige la actividad
extraterrestre en nuestro planeta. Sus agentes no tienen identidad y no responden a
ninguna rama de ningún gobierno. Y, ahora, el oficial de policía James Edwards (Will
Smith) va a descubrirlo todo: después de perseguir a un extraterrestre sin saberlo, éste le
revela que la Tierra va a ser destruida y los hombres de negro van a requerir de su ayuda.

2. Con J (Will Smith) Instruido por el agente K (Tommy Lee Jones),
ambos agentes tendrán que detener a un extraterrestre gigante que se
ha introducido en el cuerpo de un granjero (Vincent D'Onofrio) y evitar
la destrucción del planeta.

3. La historia continúa desde los acontecimientos de la segunda película,
donde los pingüinos dejan a Alex el león, Marty la cebra, Melman la jirafa
y Gloria la Hipopótamo, junto a los lémures: El Rey Julien, Maurice y
Mort en África y prometen que nuncan volverán.

4. Más tarde, Alex sueña acerca de que siguen varados en África y
descubre que él y todos sus amigos se han vuelto viejos. Al despertar de
su sueño, Alex sugiere que deben ir a Monte Carlo para encontrar a los
pingüinos y volar de regreso a Nueva York, a lo que todos quedan de
acuerdo.

5. En Monte Carlo, los pingüinos y chimpancés (Mason y Phil) disfrazados como el Príncipe
de Versalles, se están dando la gran vida en una suite del "Hotel de Paris" y ganando en
el casino, mientras tanto Alex y Marty están planeando bajar desde el techo del casino
hasta donde están los chimpancés disfrazados, a lo que interviene Gloria rompiendo el
techo del casino, cayendo abruptamente a la sala de juegos, la seguridad del hotel llama al
Control de Animales de Mónaco, la capitán Chantel DuBois con el fin de capturar a los
animales de vuelta a su refugio