El documento aborda la importancia de la publicación de datos y métodos en la investigación científica, destacando la necesidad de reproducibilidad y la gestión de datos. Se menciona la creación de repositorios y 'data journals', así como la importancia de capturar protocolos y flujos de trabajo científicos. Se enfatiza en la publicación del contexto y la infraestructura necesaria para realizar experimentos científicos reproducibles.

1. Asunción Gómez-Pérez, Olga Giraldo,
Idafen Santana, Daniel Garijo
Ontology Engineering Group (Universidad Politécnica de Madrid)
14 October 2015
Publicación de datos y métodos
científicos en investigacion

2. Source:
Fanelli, D. PLoS One. 2010 Apr 7;5(4):e10068.
Fuente:
Nature Reviews Drug Discovery 10, 712
(September 2011)
Fuente:
Nature 483, 531–533 (29 March 2012)
¿Por qué publicamos datos? Reproducibilidad
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3. • El Consorcio Europeo ha promovido dar ayuda para
publicar artículos como Open Data en sus proyectos
• NSF no acepta propuestas de proyecto sin un plan
de gestión de datos.
• Creación de “Data Journals”
• Sin embargo, la mayoría de las revistas que
mencionan datos o software en sus páginas web
normalmente promueven que se compartan datos,
pero no obligan a ello.
Esfuerzos para promover la publicación de datos
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4. Prácticas actuales para publicar datos
Scientific Data
DATA
REPOSITORY
…
JOURNAL
…
Repositorios de datos:
•Descripción de los datos almacenados.
•Preservación de datos.
•Los datos se vuelven citables (DOI)
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5. ¿Qué hay de los métodos usados para producir los datos?
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Lab bookExperiment
Lab book
Digital
Log
Workflow
Experiment
A
B
A) Protocolos de Laboratorio
B) Flujos de trabajo cienticíficos

6. Protocolos de Laboratorio
• Similares a recetas de cocina
• Tienen los ingredientes: reactivos y muestras
• Capturan el equipo necesario
• Contienen el tiempo estimado que se necesita
• Contienen los pasos críticos de un
experimento
• Repositorios de protocolos: MethodsX
(Elsevier), Protocol Exchange (Nature) o
Cold Spring Harbor Protocols (CSHP).
• Incubate the
centrifuge tubes in a
water bath.
• Incubate the samples
for 5 min with shaking.
• Rinse DNA in 1-2 ml
of wash.
• Incubate at -20C
overnight.
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7. Flujo de trabajo científico
7
Lab bookExperiment
• Plantilla que contiene la secuencia de
actividades necesarias para llevar a
cabo un experimento científico
computacional (Deelman et al., 2009).
Se compone de:
• Pasos
• Entradas
• Resultados intermedios
• Salidas
• Los flujos de trabajo se guardan en
repositorios como MyExperiment,
Crowdlabs, Galaxy or The LONI
Pipeline
Deelman, E., Gannon, D., Shields, M., and Taylor, I. (2009). Workflows and e-science:
An overview of workflow system features and capabilities. Future Generation Computer Systems,
25(5):528{540.

8. Capturando el contexto de los experimentos: Research Objects
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Research Object:
•Agregación de recursos que están relacionados con una misma investigación
Cómo relacionamos los protocolos de laboratorio o los flujos
de trabajo científicos con sus recursos y publicaciones?
Necesitamos contexto.
Usage conditions (License)

9. ¡No nos olvidemos de la infraestructura!
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Lab bookExperiment
Lab book
Digital
Log
Workflow
Experiment
¡No capturada en el flujo de trabajo científico!
Capturada en el protocolo de laboratorio

10. CLOUD
Reproducibilidad de infrastructura
• Reproducibilidad de experimentos científicos
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FORMER
EQUIPMENT
ANNOTATE REPRODUCE
SEMANTIC
ANNOTATIONS
EQUIVALENT EXECUTION
ENVIRONMENT
• “Its about capturing, preserving, reusing and
curating” [Goble 2012]

11. Use case
• Objetivo
Amazon
Entorno de
ejecución de
flujos de trabajo
Anotación Reproducir
Anotaciones
semánticas
Entornos de
ejecución
equivalentes
Future
Grid
Vagrant
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12. Resumen
• Publicación de una investigación:
• Publicación de datos
• Publicación de métodos
• Protocolos de laboratorio
• Flujos de trabajo científicos
• Publicación del contexto
• Research Objects
• Publicación de la Infraestructura
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13. Asunción Gómez-Pérez, Olga Giraldo,
Idafen Santana, Daniel Garijo
Ontology Engineering Group (Universidad Politécnica de Madrid)
14 October 2015
Publicación de datos y métodos
científicos en investigacion