1. MEGADOCK 4.0
an ultra-high-performance protein-protein docking software for heterogeneous supercomputers
1T1-35 (G-06)
大上雅史,下田雄大,鈴木脩司,松崎由理,石田貴士,秋山泰(東工大・情報理工)
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タンパク質ドッキングを1日で100万ペア計算するよ^^
タンパク質ドッキングって何?
2つのタンパク構造から複合体構造を予測する計算のこと
なんで1日に100万ペア?
タンパク質間相互作用(PPI)ネットワークの予測や、アン
サンブルドッキングとかに気軽に応用できるようにする
ためには、そのくらい速い計算が必要なんだ。
へぇ、どうやってやるの?
GPUスパコンを使うよ
3. MEGADOCK 4.0 大上雅史1T1-35 (G-06)
で、結局100万ペアのドッキングは何時間でできたの?
論文Open Access!
ツールOpen Source!
www.bi.cs.titech.ac.jp/megadock
ノートPCからTSUBAMEまで!
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TSUBAME 2.5の420ノード利用でおよそ12時間だったよ
Binding Partner
Recognition Test
Chemotaxis
Pathway Analysis
Human Apoptosis
Pathway Analysis