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目バーチャルスクリーニング
- 1. 目バーチャルスクリーニング 第21回オープンバイオ研究会 2017年3月25日(土) 於 北陸先端科学技術大学院大学 Human insight in drug discovery: docking pose selection in protein-ligand docking and hit-compounds selection in structure-based virtual screening Kazuki Z Yamamoto*, Yoshitaka Moriwaki, Keita Oda, Masahito Ohue, Itsuo Nakane, Ryunosuke Yoshino, Hayase Hakariya, Tadaaki Mashimo, Mitsuhito Wada, Fukunishi Yoshifumi (submitted)
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- 5. BoFセッション 薬のタネ発見のための計算技術と創薬知 ― 人智と計算の融合の可能性を探る 2016/9/29(木) 13:30-15:00 @会議室1 ©@souyakuchan 13:30 薬のタネ発見のための計算技術と創薬知BoF（はじめに） 大上雅史（東工大） 13:35 リガンド情報に基づくバーチャルスクリーニング 山西芳裕（九大） 13:45 タンパク質構造を利用したバーチャルスクリーニングとその周辺 千見寺浄慈（名大） 13:55 新規薬剤候補の発見に向けたタンパク質MDシミュレーション 森脇由隆（分子研・JSPS） 14:05 バーチャルスクリーニングを支える機械学習技術 田部井靖生（東工大・JSTさきがけ） 14:15 ヒューマンコンピュテーションとクラウドソーシング 馬場雪乃（京大） 14:25 化合物選抜におけるメディシナルケミストの着眼点 中野浩史（東大） 14:35 ligand pose に関する visual inspection の有効性検証 山本一樹（東大） 14:45 まとめ 山本一樹（東大）
- 6. BoFセッション 薬のタネ発見のための計算技術と創薬知 本BoFの主旨 創薬プロセスの加速を目指した計算による薬の候補化合物選別 技術（バーチャルスクリーニング, VS）の研究が進んでいる． 標的タンパク質の構造情報を活用するSBVS，複数のタンパク質 と化合物の相互作用情報を活用するCGBVSなど様々な方法論が 提案されているが，今なお研究者がしのぎを削ってスクリーニ ング性能の改善を目指している．一方で創薬科学者，メドケム 研究者の目利き (visual inspection) のような，人手による要素 も創薬過程においては無くてはならないものであるが，情報科 学との融合，VSの方法論への反映のための手段は，必ずしも整 備されているとは言い難い．本セッションでは，既存のVS手法 を俯瞰した上で，人間がどのような視点を創薬プロセスで使う のかという「創薬知」に迫り，人間と計算の融合（ヒューマン コンピュテーション），ひいては創薬と citizen science との 連携の実現可能性について，多様な観点から議論したい．
- 7. Stewart, et al. Bioorg Med Chem, 14: 7011-7022 (2006) メディシナルケミストの構造展開の知見をルール化． 入力された化合物からルールベースの構造変換を自動的に行い化合物を提案． homologation-C NC-switch 事例
- 8. 薬物トランスポーターの研究者11人に，259化合物について 基質になりそうかどうかを投票してもらった (expert opinion) expert opinionを 入れてSVM学習を した方がAUC向上 Ose, et al. J Pharmaceut Sci, 105: 2222-2230 (2016) 事例 BoFセッション 薬のタネ発見のための計算技術と創薬知
- 9. 250万化合物の中からSirtuin 1阻害化合物を探せ！ 参加グループは阻害活性を有する化合物を予測・選択し、提出します。提出された化合物の阻 害活性を，サーマルシフトアッセイ，固定濃度阻害率測定，IC50測定実験によって評価します。 第３回となる本コンテストでは、Human NAD-dependent protein deacetylase sirtuin 1 (SIRT1)を 標的とし、SIRT1の脱アセチル化を阻害する新規化合物の探索をテーマとしました。 第４回IT創薬コンテスト開催決定！ 2017年５月9日 START！ 主催 NPO法人 並列生物情報処理イニシアティブ (IPAB) 協賛 国立大学法人 東京工業大学 協力 東京工業大学 スマート創薬研究ユニット (ACDD) 宣伝
- 10. 人間の力をつかう ＝ クラウドソーシング 2017/3/25 オープンバイオ研究会 大上雅史
- 17. 人間の力を集める方法 2017/3/25 オープンバイオ研究会 大上雅史 © 艦隊これくしょん
- 19. 謝辞 2017/3/25 オープンバイオ研究会 大上雅史 安定を捨てリスクを取った"起業家医師”の本音｜「未来2017」インターン 下ばたら記（後編） | クーリエ・ジャポン https://courrier.jp/news/archives/76022/