1. Bio! Bio! Bio!
@yuifu

2. Bio! Bio! Bio!
Ｒで塩基配列を扱う方法
@yuifu

3. 自己紹介
• @yuifu
• おざき はるか
• 情報生命科学専攻 博士1年
• 専門
• バイオインフォマティクス（ざっくり）
• 次世代シーケンサーのデータ解析

4. 今日の内容
• RとBioconductorで塩基配列を扱う
• BioStrings: 塩基配列を扱うパッケージ
• BSgenome: 全ゲノム配列を格納するパッケージ

5. 塩基配列
• すべての生物が持っている生命の設計図（）
• A, C, G, T（RNAだと，A, C, G, U）
• 相補性（A-T, G-C）
• 曖昧性（Yとか）
• ギャップ
• マスク（N）

6. Bioconductor とは
• Ｒをベースにしたゲノム解析ツールの開発を目的とした
オープンソースプロジェクト
• http://www.bioconductor.org
• 扱えるデータ
• マイクロアレイ，配列情報，SNP，フローサイトメトリー，マススペクト
ル，NGSデータ…
• 様々なメタデータをパッケージとして提供
• 各種解析，アノテーション，可視化など様々なタスクに対応

7. 続きはRPubsで
• http://rpubs.com/yuifu/1941

8. 参考
• Bioconductor: http://www.bioconductor.org
• 二階堂さんの: http://cat.hackingisbelieving.org
• Bioconductor code serach: http://search.bioconductor.jp
• 中尾さんの: http://bioconductor.g.hatena.ne.jp/nakao_mitsuteru/
• 門田先生の: http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/r_seq.html
• Gentlemanら「RとBioconductorを用いたバイオインフォマティクス」シュプリン
ガー
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