El Club Deportivo Universidad César Vallejo fue fundado en 1996 para representar a la Universidad César Vallejo. Ganó el torneo de tercera división trujillana en 1997 y la Segunda División de Trujillo al año siguiente, logrando ascender a la Primera División después de solo dos años. En 2003 ganó el título de la Copa Perú y ascendió al Campeonato Descentralizado, derrotando en la final al Deportivo Educación de Abancay.