A água do Parque Shopping D. Pedro vem do Rio Atibaia e é tratada na estação de tratamento de água (ETA) antes de ser distribuída. Após o uso, a água é coletada e levada para a estação de tratamento de efluentes (ETE) onde é tratada antes de ser despejada no Ribeirão das Pedras. Além disso, 4% da água tratada é reutilizada nos jardins e banheiros do shopping.