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ANÁLISIS DE PROTEÍNAS DE FUSIÓN DE
   TRANSLOCACIONES CROMOSÓMICAS
       POR CITOMETRÍA DE FLUJO




  CENTRO DE INVESTIGACIÓN DEL CÁNCER.
UNIVERSIDAD Y HOSPITAL UNIVERSITARIO DE
     SALAMANCA. SALAMANCA, ESPAÑA
                                       Juan Flores Montero, MD
               REUNION ANULAL RTICC, MADRID, NOVIEMBRE 2008
Proteínas de fusión

                 fusion gene

5' gene            A                 gene B 3'




          transcription

                                                     A

                       translation                   B
                                                         A
                                                 A
A            B

                                                         B
                                                 B
Puntos de corte de t(9;22)(q34;q11) en genes BCR y ABL


BCR gene (# 22q11)



  utr                                                                                         utr
        m-bcr                                         M-bcr                      μ-bcr
                                                                                            tel
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    cen

ABL gene (# 9q34)



        utr                                                                                   utr
              breakpoint region
                                                                                            tel
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    cen



                                  J.J.M. van Dongen et al., BIOMED-1 Report, LEUKEMIA 1999;13:1901-1928
DETECCIÓN DE PROTEÍNAS DE FUSIÓN DE
      TRANSLOCACIONES CROMOSÓMICAS POR CMF
Patentes: US 6,610,498 B1 (26 de agosto de 2003)
        US 6,686,165 B2 (3 de febrero de 2004)
                                                       beads coated
                                                        with anti-A                         bead
                                                         antibody

                      fusion gene
                5' gene A        gene B 3'
                                                                             bead


                    transcription                                        A          A
                                                  cell lysate
                                          A                              B              B
                            translation                              A
                                          B   A
               A     B                A                              B
                                      B       B




                                                                                            B
                                                                                        A
                                                             A
                                                         B
                                                                         bead

                                     FITC-conjugated
                                                                     A
                                     anti-B antibody
                                                                 B
Detección de la proteína de fusión BCR-ABL t(9;22) por CMF
  usando microesferas (BD™ CBA Flex beads): Especificidad




                                                                Black:    697 (t(1;19), neg. control)
                                                                Blue:     TOM-1,      BCR-ABL+ (p190)
                                                                Green:     LAMA-84 BCR-ABL+ (p210)
                                                                Purple:   AR230,      BCR-ABL+ (p230)


Catching antibody: anti-BCR (clone 3E2C10)
Bead: BD-Flex bead (A7)
Detection antibody: biotinylated anti-ABL (clone 8E9) + SA-PE
signal/noise ratio CBA




                                                                                                   0.1
                                                                                                               1
                                                                                                                   10
                                                                                                                          100
                                                                                                                                                                    1000

                                                                                                    Dyn06-00
                                                                                                    Dyn06-003

                                                                                                    Dyn06-004
                                                                                                    Dyn06-007

                                                                                                    Dyn06-008

                                                                                                    Dyn06-008

                                                                                                    Dyn06-009

                                                                                                    Dyn06-010

                                                                                                    Dyn06-010

                                                                                                    Dyn06-02

                                                                                                    Dyn06-022

                                                                                                    Dyn06-01

                                                    same sample tested in 2 separate experiments    Dyn06-012

                                                                                                    Dyn06-013
patient with mutation close to a ABL-binding site
                                                                                                    Dyn06-014

                                                                                                    Dyn06-015

                                                                                                    Dyn06-016

                                                                                                    Dyn06-017
                                                                                                    Dyn06-018

                                                                                                    Dyn06-019
                                                                                                                                negative in PCR
                                                                                                                                                  positive in PCR




                                                                                                    Dyn06-020
                                                                                                                                                                           Detección de BCR-ABL en LLA pB al diagnóstico usando CBA
Detectión de microesferas con BD™ CBA Flex beads para la
proteína de fusión BCR-ABL t(9;22) por citometría de flujo:
                                       Sensibilidad




                                                                 Black: PBMNC (100%)
                                                                 Green:    0.5% Lama-84
                                                                 Purple:   1% Lama-84
                                                                 Blue:     2% Lama-84
                                                                 Orange: 100% Lama-84

 Catching antibody: anti-BCR (clone 3E2C10)
 Bead: BD-Flex bead (A7)
 Detection antibody: biotinylated anti-ABL (clone 8E9) + SA-PE
EVALUACIÓN DEL KIT BCR-ABL RUO
  POR EL GRUPO EuroFlow (n=144)




      n=61   n=41   n=12   n=17   n=13
KIT BCR-ABL RUO: CONCLUSIONES
                 PRELIMINARES
.- Elevada sensibilidad y especificidad:
   - Concordancia absoluta con los resultados de PCR:
             12/41 LLA-pB (todos adultos)
             12/12 LMC
             0/29 LMA y LLA-T

.- Cantidad de proteína bcr/abl:
   - Patrón heterogéneo con dos grupos de casos positivos:
      ● Expresión elevada: IMF ≥ 2.000
      ● Expresión relativamente baja: IMF ≥ 500 y < 2.000
   - IMF de las muestras negativas < 150

.- Diferente patrón de expresión en LLA-pB y LMC:
     LLA-pB: 83% (10/12) mostraron expresión elevada
     LMC: 75% (9/12) mostraron expresión baja/intermedia*
        *¿Expresión baja o activitad residual de proteasas?
PANEL DE TUBOS DE ESFERAS PARA LA
 CLASIFICACIÓN DE LEUCEMIAS AGUDAS

Precursor-B-ALL   AML          ‘MLL’      T-ALL

  BCR-ABL         PML-RARA     MLL-AF4    CALM-AF10
  TEL-AML1        AML1-ETO     MLL-AF9    LMO2
  E2A-PBX1        CBFB-MYH11   MLL-AF10   HOX11L2
 ( MLL-AF4)                    MLL-ENL    TAL1
                               MLL-AF6
E2A-PBX1: test en líneas celulares y muestras de
                   pacientes

          5000

          4000

          3000
 signal




          2000

          1000

            0
                 Jurkat         697     healthy donor   ALL patient      ALL patient
                                                        no translocation    t(1;19)



Conclusión:               El CBA para E2A-PBX1 detecta la proteína
                          E2A-PBX1 en lisados de líneas celulares y muestras
                          de pacientes positivos para t(1;19)
Microesferas: nuevos diseños

           TEL-AML1: especificidad                                AML1-ETO: especificidad
         3000                                               900
                                                            800
         2500
                                                            700
         2000                                               600
signal




                                                   signal
         1500                                               500
                                                            400
         1000                                               300
         500                                                200
                                                            100
           0                                                  0
                697   K562   Lama   RS4;11   REH                  Jurkat Lama-84 REH   K562   697   Kasumi-1




Conclusión:              El CBA para la detección de TEL-AML1 y AML1-ETO es
                         específico para las líneas celulares REH con t(12;21) y Kasumi
                         t(8;21), respectivamente.
DETECCIÓN SIMULTÁNEA DE LAS PROTEÍNAS DE
           FUSIÓN BCR-ABL Y E2A-PBX

                          100% K562     100% 697




                         10% 697/K562   10% K562/697

R2 = green = BCR beads
R3 = pink = E2A beads
Valor diagnóstico del sistema de microesferas para
 la detección de proteínas de fusión en leucemias

1. Por vez primera la citometría de flujo puede reemplazar
   técnicas moleculares

2. Primer ensayo diagnóstico clínicamente relevante usando
   microesferas


3. Herramienta novedosa directamente aplicable en el
   diagnóstico de leucemias

4. De aplicación rápida y sencilla en cualquier laboratorio
   diagnóstico con equipamiento para citometría de flujo
   amplia diseminación en laboratorios médicos
www.euroflow.org         EuroFlow participants
University Institutes / Medical Schools
Erasmus MC, Rotterdam, NL             J.J.M. van Dongen, V.H.J. van der Velden
USAL, Salamanca, ES                   A. Orfao, J.F. San Miguel
IMM, Lisbon, PT                       P. Lucio, A. Parreira
UNIKIEL, Kiel, DE                     M. Kneba, M. Ritgen, S. Böttcher
AP-HP, Paris, FR                      E. Macintyre, V. Asnafi
UNIVLEEDS, Leeds, GB                  S. Richards, A.C. Rawstron
DPH/O, Prague, CZ                     O. Hrusak, J. Trka
SAM, Zabrze, PL                       T. Szczepanski


Companies (SME’s)
DYNOMICS, Rotterdam, NL               Peter Schoevers, Liesbeth Dekking, R.
                                      Noordijk. A. van der Linden


CYTOGNOS, Salamanca, ES               M. Martin, M. Castaño, A. Rodríguez Prieto,
                                      J. Bensadon

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  • 1. ANÁLISIS DE PROTEÍNAS DE FUSIÓN DE TRANSLOCACIONES CROMOSÓMICAS POR CITOMETRÍA DE FLUJO CENTRO DE INVESTIGACIÓN DEL CÁNCER. UNIVERSIDAD Y HOSPITAL UNIVERSITARIO DE SALAMANCA. SALAMANCA, ESPAÑA Juan Flores Montero, MD REUNION ANULAL RTICC, MADRID, NOVIEMBRE 2008
  • 2. Proteínas de fusión fusion gene 5' gene A gene B 3' transcription A translation B A A A B B B
  • 3. Puntos de corte de t(9;22)(q34;q11) en genes BCR y ABL BCR gene (# 22q11) utr utr m-bcr M-bcr μ-bcr tel ~55 kb ~2.9 kb ~1 kb cen ABL gene (# 9q34) utr utr breakpoint region tel ~200 kb cen J.J.M. van Dongen et al., BIOMED-1 Report, LEUKEMIA 1999;13:1901-1928
  • 4. DETECCIÓN DE PROTEÍNAS DE FUSIÓN DE TRANSLOCACIONES CROMOSÓMICAS POR CMF Patentes: US 6,610,498 B1 (26 de agosto de 2003) US 6,686,165 B2 (3 de febrero de 2004) beads coated with anti-A bead antibody fusion gene 5' gene A gene B 3' bead transcription A A cell lysate A B B translation A B A A B A B B B B A A B bead FITC-conjugated A anti-B antibody B
  • 5. Detección de la proteína de fusión BCR-ABL t(9;22) por CMF usando microesferas (BD™ CBA Flex beads): Especificidad Black: 697 (t(1;19), neg. control) Blue: TOM-1, BCR-ABL+ (p190) Green: LAMA-84 BCR-ABL+ (p210) Purple: AR230, BCR-ABL+ (p230) Catching antibody: anti-BCR (clone 3E2C10) Bead: BD-Flex bead (A7) Detection antibody: biotinylated anti-ABL (clone 8E9) + SA-PE
  • 6. signal/noise ratio CBA 0.1 1 10 100 1000 Dyn06-00 Dyn06-003 Dyn06-004 Dyn06-007 Dyn06-008 Dyn06-008 Dyn06-009 Dyn06-010 Dyn06-010 Dyn06-02 Dyn06-022 Dyn06-01 same sample tested in 2 separate experiments Dyn06-012 Dyn06-013 patient with mutation close to a ABL-binding site Dyn06-014 Dyn06-015 Dyn06-016 Dyn06-017 Dyn06-018 Dyn06-019 negative in PCR positive in PCR Dyn06-020 Detección de BCR-ABL en LLA pB al diagnóstico usando CBA
  • 7. Detectión de microesferas con BD™ CBA Flex beads para la proteína de fusión BCR-ABL t(9;22) por citometría de flujo: Sensibilidad Black: PBMNC (100%) Green: 0.5% Lama-84 Purple: 1% Lama-84 Blue: 2% Lama-84 Orange: 100% Lama-84 Catching antibody: anti-BCR (clone 3E2C10) Bead: BD-Flex bead (A7) Detection antibody: biotinylated anti-ABL (clone 8E9) + SA-PE
  • 8. EVALUACIÓN DEL KIT BCR-ABL RUO POR EL GRUPO EuroFlow (n=144) n=61 n=41 n=12 n=17 n=13
  • 9. KIT BCR-ABL RUO: CONCLUSIONES PRELIMINARES .- Elevada sensibilidad y especificidad: - Concordancia absoluta con los resultados de PCR: 12/41 LLA-pB (todos adultos) 12/12 LMC 0/29 LMA y LLA-T .- Cantidad de proteína bcr/abl: - Patrón heterogéneo con dos grupos de casos positivos: ● Expresión elevada: IMF ≥ 2.000 ● Expresión relativamente baja: IMF ≥ 500 y < 2.000 - IMF de las muestras negativas < 150 .- Diferente patrón de expresión en LLA-pB y LMC: LLA-pB: 83% (10/12) mostraron expresión elevada LMC: 75% (9/12) mostraron expresión baja/intermedia* *¿Expresión baja o activitad residual de proteasas?
  • 10. PANEL DE TUBOS DE ESFERAS PARA LA CLASIFICACIÓN DE LEUCEMIAS AGUDAS Precursor-B-ALL AML ‘MLL’ T-ALL BCR-ABL PML-RARA MLL-AF4 CALM-AF10 TEL-AML1 AML1-ETO MLL-AF9 LMO2 E2A-PBX1 CBFB-MYH11 MLL-AF10 HOX11L2 ( MLL-AF4) MLL-ENL TAL1 MLL-AF6
  • 11. E2A-PBX1: test en líneas celulares y muestras de pacientes 5000 4000 3000 signal 2000 1000 0 Jurkat 697 healthy donor ALL patient ALL patient no translocation t(1;19) Conclusión: El CBA para E2A-PBX1 detecta la proteína E2A-PBX1 en lisados de líneas celulares y muestras de pacientes positivos para t(1;19)
  • 12. Microesferas: nuevos diseños TEL-AML1: especificidad AML1-ETO: especificidad 3000 900 800 2500 700 2000 600 signal signal 1500 500 400 1000 300 500 200 100 0 0 697 K562 Lama RS4;11 REH Jurkat Lama-84 REH K562 697 Kasumi-1 Conclusión: El CBA para la detección de TEL-AML1 y AML1-ETO es específico para las líneas celulares REH con t(12;21) y Kasumi t(8;21), respectivamente.
  • 13. DETECCIÓN SIMULTÁNEA DE LAS PROTEÍNAS DE FUSIÓN BCR-ABL Y E2A-PBX 100% K562 100% 697 10% 697/K562 10% K562/697 R2 = green = BCR beads R3 = pink = E2A beads
  • 14. Valor diagnóstico del sistema de microesferas para la detección de proteínas de fusión en leucemias 1. Por vez primera la citometría de flujo puede reemplazar técnicas moleculares 2. Primer ensayo diagnóstico clínicamente relevante usando microesferas 3. Herramienta novedosa directamente aplicable en el diagnóstico de leucemias 4. De aplicación rápida y sencilla en cualquier laboratorio diagnóstico con equipamiento para citometría de flujo amplia diseminación en laboratorios médicos
  • 15. www.euroflow.org EuroFlow participants University Institutes / Medical Schools Erasmus MC, Rotterdam, NL J.J.M. van Dongen, V.H.J. van der Velden USAL, Salamanca, ES A. Orfao, J.F. San Miguel IMM, Lisbon, PT P. Lucio, A. Parreira UNIKIEL, Kiel, DE M. Kneba, M. Ritgen, S. Böttcher AP-HP, Paris, FR E. Macintyre, V. Asnafi UNIVLEEDS, Leeds, GB S. Richards, A.C. Rawstron DPH/O, Prague, CZ O. Hrusak, J. Trka SAM, Zabrze, PL T. Szczepanski Companies (SME’s) DYNOMICS, Rotterdam, NL Peter Schoevers, Liesbeth Dekking, R. Noordijk. A. van der Linden CYTOGNOS, Salamanca, ES M. Martin, M. Castaño, A. Rodríguez Prieto, J. Bensadon