Utilisation de Zotero pour la médecine / le paramédical à l'UPMC

1. Bibliographie et utilisation de Zotero
Université Pierre-
et-Marie-Curie
Formation_Bu_Medecine
(at)scd.upmc.fr
www.upmc.fr

2. Rappel : Jubil, site des bibliothèques de l’UPMC
Rappel : Jubil, site
des bibliothèques de
l’UPMC
2

3. Présentation générale
§ Stocker des références sur le disque dur et en ligne
synchronisation
§ Partager des références bibliographiques
§ Collecter des références bibliographiques depuis des catalogues
de bibliothèques et des bases de données en ligne
§ Stocker et gérer :
• des références bibliographiques
• les documents qu’elles décrivent
• des captures de pages Web et des annotations de pages
Web
• des liens vers des pages Web
3

4. Fonctionnalités principales
§ Établir des liens avec des fichiers stockés sur le disque dur
§ Gérer et organiser les références par :
• dossiers et sous-dossiers (Collections)
• marqueurs (Tags)
• recherches dans les références
§ Importer et exporter des références
§ Plug-in d’interface directe avec le traitement de texte Word et
LibreOffice (ex OpenOffice) permettant de
• créer des citations dans le texte en cours de rédaction
• générer une bibliographie
4

5. ZOTERO en pratique
Téléchargement ici : http://www.zotero.org/
Création possible d’un compte en ligne et synchronisation de
plusieurs ordinateurs
Si nécessaire, autoriser l’installation du programme sous Firefox
§
5

6. § ZOTERO en pratique
Pour aller sur Internet, j'utilise :
- Firefox : j'installe le module Zotero pour Firefox
et le plugin pour traitement de texte
- Chrome ou Safari : j'installe Zotero Standalone
(pour Windows, Linux ou Mac) + le connecteur
Chrome ou Safari
- Internet Explorer : pas de chance, je suis obligé
d'installer Firefox ou Chrome ou Safari...
Fot. NATI HARNIK AP

7. § Icône Zotero généralement en bas à droite (sous Firefox) : cliquer pour développer
7

8. Barre 4 zones
d’outils
Liste des Références du Détails de la
dossiers, répertoire, du référence
marqueurs et marqueur ou de la sélectionnée
recherches recherche
sélectionné
8

9. Zotero as a tab
Cliquer pour réduire ou agrandir
9

10. Configurer Zotero
Personnaliser l’apparence, configurer
diverses fonctionnalités
Configurer la synchronisation (compte,
réinitialisation, etc.)
Activer et désactiver l’indexation des fichiers
pdf ; statistiques
Paramétrer la citation rapide
Gérer les plug-ins Word/LibreOffice ; ajouter et
supprimer des styles bibliographiques
Configurer les raccourcis clavier pour Zotero
Localisation du stockage, intégrité de la base, encodage
des caractères
10

11. Configurer
Zotero
•Cocher ou décocher
•« Mettre à jour
maintenant »
•« OK »
•Relancer Firefox
Joindre automatiquement
les fichiers PDF associés…
Fonctionne uniquement sur
les plateformes de revues
(ScienceDirect, IEEEXplore,
ACS, etc.) et pour les
revues auxquelles on est
abonné
11

12. Collecter des références (4 méthodes)
1 Collecte en ligne (exemple sur le SUDOC) 1
2 3 4 5
4
Création d’un élément : lien
2 vers la page Web en cours
Import d’un fichier de
références 5
3 Recherche d’une
Saisie manuelle d’une référence par son
référence : différents types de identifiant (PMID, DOI,
document disponibles ISBN, etc.)
12

13. 1) Collecter des références en ligne
Récupérer des références dans des bases de données en ligne 
clic sur l’icône à droite de la barre d'adresse
13

14. 1) Collecter des références en ligne
Sélectionner la/les référence(s) souhaitée(s) et
valider le choix
14

15. 1) Collecter des références en ligne
Référence importée - attention, la
référence s’enregistre dans la
collection sélectionnée au moment
de l’import + Problème avec PubMed
accès distant 15

16. 1) Collecter des références en ligne
16

17. Cas particulier : chapitre de livre
• Dans Zotero, changer le type de document
• Rajouter le titre du chapitre dans le
nouveau champ qui apparaît
• Rajouter les pages correspondant au
chapitre
• Dupliquer la référence pour citer plusieurs
chapitres du même livre
17

18. Zotero fonctionne avec :
- Amazon
- BIU Santé
- Bibliothèque nationale de France (BnF)
- Cairn
- Google Books
- GoogleScholar
- Refdoc
- Science Direct
- SUDOC (inclus la BIU Santé et l’UPMC)
Liste des sites compatibles : http://www.zotero.org/translators/

19. Collecter des références en ligne : et quand
ça ne marche pas ?
Si l’icône Zotero n’apparaît pas dans la barre
d’adresse ou si l’enregistrement échoue (pb avec
ScienceDirect par exemple),
il reste toujours possible d’exporter un fichier de références au
format RIS ou BibTex, que l’on importera ensuite dans Zotero
Si l’on a choisi dans les Préférences « Utiliser Zotero pour les fichiers
RIS/Refer téléchargés », l’import dans Zotero se fera automatiquement
Pour le Web of Science, si le format d’export Bib Tex n’est pas proposé,
importer les références dans EndNote Web, puis les exporter au format
RIS et les importer dans Zotero
19

20. Collecter des références en ligne : et quand
ça ne marche pas ?
ScienceDirect
1
3
Import automatique
dans Zotero
2 20

21. Collecter des références : 2 import de fichier
Fichier de références dans un format spécifique, obtenu par export
d’EndNote ou d’une base de données non compatible Zotero
21

22. Collecter des références : 2 import de fichier
Les références sont importées dans une collection « Importé
le… » : il faut donc les reclasser ou renommer la collection
Pour connaître le nbre de références dans une collection,
il suffit de toutes les sélectionner (Ctrl+a), le nbre s’affiche
dans le volet de droite
22

23. Collecter des références : 3 saisie manuelle
À réserver aux documents dont les références sont introuvables
dans une base de données (ex : EM-Premium, ex EM-Consulte (EMC))
Choisir le
type de
doc. à
décrire
Compléter les champs,
variables en fonction du
type de document
23

24. Cas particulier : EM-Premium
24

25. Collecter des références : 4 créer un élément à
partir d’une page web
Possibilité d’ajouter : un lien
vers la page web (gestion
des favoris) et une capture
de la page web
25

26. Collecter des références : 5 recherche d’une
référence par son identifiant
26

27. Collecter des références : 5 recherche d’une
référence par son identifiant
Sources utilisées :
WorldCat pour les ISBNs
(livres), CrossRef pour les
DOIs et bien sûr PubMed
pour les PMID.
NB Zotero parvient à
importer seulement le
premier auteur d’une
oeuvre depuis WorldCat
27

28. Collecter des références : 6 récupérer une
collection d’articles en PDF
• Ouvrir la fenêtre Zotero
• Ouvrir le répertoire avec vos PDF
• Glisser/déposer les PDF dans la fenêtre
Zotero
• Clic droit sur les fichiers : « récupérer les
métadonnées du PDF »
• Si échec : créer une notice à la main et y
rattacher le PDF
28

29. Collecter des références : 6 récupérer les
métadonnées du PDF
Ajouter les PDF à la Bibliothèque
Zotero en les faisant glisser depuis
leur emplacement d’origine
29

30. Collecter des références : 6 récupérer les
métadonnées du PDF
clic droit, installer pdftotext et pdfinfo
la 1ère fois
• Recherche du pdf dans
Google Scholar,
• s’il est trouvé, Zotero
télécharge ses
métadonnées et crée un
nouvel élément,
• auquel il rattache le pdf
30

31. Gérer les références
Collections 4 Recherches 1
2
Affichage
et tri
3 Marqueurs 31

32. Gérer les références : affichage et tri des
références
Définir les champs d’affichage (i. e. les critères de tri)
des références
32

33. Gérer les références : collections
clic droit
•Créer des dossiers (collections) et des sous-dossiers (glisser-déplacer les dossiers
pour créer une arborescence)
•Une référence peut être classée dans plusieurs dossiers, mais elle existe en un
seul exemplaire dans la bibliothèque (i. e. les dossiers sont comme des vues
différentes sur une référence unique)
glisser ≠ copier
•Pour modifier le classement d’une référence, il faut la faire glisser dans son
dossier de destination ET la retirer de son dossier d’origine
glisser ≠ déplacer
33

34. Gérer les références : supprimer des références
Les références supprimées
sont conservées dans la
poubelle
34

35. Gérer les références : collections
Pour savoir dans quelles collections une référence est classée, la
sélectionner et cliquer sur Ctrl (ou Cmd pour Mac), les collections
dans lesquelles elle est classée apparaîtront en sur-brillance
35

36. Gérer les références : marqueurs
Liste de tous les
marqueurs utilisés dans le Marqueurs de la référence
répertoire sélectionné sélectionnée, récupérés
automatiquement et/ou
ajoutés manuellement
Un marqueur ne peut exister indépendamment de
références :
• il doit être créé dans au moins une référence ;
• si toutes les références comportant un marqueur sont
supprimées, ce dernier l’est aussi.
Utiliser les tags (= marqueurs)
36

37. Gérer les références : marqueurs
Filtre sur un marqueur :
afficher uniquement les
références comportant
ce marqueur +:
Appliquer un marqueur à un
ensemble de références (glisser-
déplacer les références sur le
marqueur)
Renommer un marqueur (mise à
jour automatique dans les
références)
37

38. Gérer les références : recherche dans les références
1. Définir les critères de
recherche
NB Recherche avancée
• Chaque champ ne doit contenir qu’une
chaîne de caractères
• Si la recherche porte sur un seul critère,
afficher un seul champ et ne pas laisser
de champ vide
2. Enregistrer et nommer
la recherche
3. Relancer la recherche
38

39. Gérer les références : détecter les doublons
39

40. Enrichir les références : liens fichier
1. Ajouter dans la notice un lien vers le
fichier pdf du texte intégral stocké sur
le disque dur
2. Copie le fichier pdf sélectionné dans un répertoire du dossier système
de Zotero (possibilité de définir ce répertoire dans les Préférences):
fichier moins facilement accessible, mais lien plus pérenne
3. Autre possibilité : créer un lien vers le fichier directement dans
la liste des éléments de la bibliothèque
40

41. Enrichir les références : notes
1. Créer une note indépendante
Clic droit sur l’élément sélectionné « Ajouter une note »
ou
2. Créer une note liée à un élément
41

42. Enrichir les références : 3 commenter des captures
de page web
capture de page web
surligner annoter
• surligner
• supprimer le surlignage
• ajouter une
annotation
• réduire les annotations
42

43. Exploiter les références
• Exporter des références (au format RIS, BibTex, Zotero RDF, etc.)
• Créer une bibliographie : choisir un style bibliographique et enregistrer un
fichier au format .html ou .rtf ou imprimer la bibliographie
• Choisir la langue dans laquelle la bibliographie est générée :
https://addons.mozilla.org/fr/firefox/addon/14442
• Générer un rapport : liste des références (avec historique : marqueurs, date
d’ajout, etc.)
43

44. Création de bibliographie
• Sélectionner les références
• Clic droit « Créer une bibliographie… »
• Choisir le style
– Pour rajouter un style bibliographique : Actions / Préférences / Styles /
Obtenir des styles supplémentaires
• Choisir le format de sortie (plutôt RTF)
44

45. Exploiter les références : plug-in
Word/LibreOffice (1/4)
Insérer des
références et
créer des
bibliographies
dans un
document
Word ou
LibreOffice
45

46. Exploiter les références : plug-in
Word/LibreOffice (2/4)
§ Insérer et modifier des références
§ Insérer et modifier une bibliographie
§ Choisir le style bibliographique et la place des notes (bas de
page et/ou fin du document, en fonction des styles)
liste à définir dans les Préférences de Zotero
Word ≥ 2007, onglet
« Compléments »
46

47. Icônes dans Word 2007/2010
47

48. Exploiter les références : plug-in Word/LibreOffice (3/4)
Insérer une
référence
Choix du style
Choix de la référence
et prévisualisation
48

49. Normes possibles pour vos mémoires
- The Journal of Neuroscience (Master RIM)
- Système Harvard (auteur – année dans le texte)(orthoptie)
- Système Vancouver (par ordre d’apparition dans le texte,
avec numérotation)(orthophonie & orthoptie)
- Système alphabétique numérique (orthoptie)
- ASA (American Statistical Association) (livres –
psychomotricité)
- Numbered (articles – psychomotricité)
-- Vancouver souvent utilisé en médecine
49

50. Rajouter un style dans Zotero
Cliquer sur l’icône « Actions » (engrenage) pour
accéder aux préférences de Zotero :
-
-
50

51. Exploiter les références : plug-in Word/LibreOffice (4/4)
Autres fonctionnalités
Générer une bibliographie à partir de tous les
éléments référencés (NB : si le style l’autorise)
Éditer une citation insérée dans le document
Éditer une bibliographie insérée dans le document
(ajouter une référence non citée dans le texte par ex.)
Refresh : mise à jour des citations et de la bibliographie
pour répercuter les modifications faites dans la
bibliothèque
Afficher les préférences du document pour
changer le style
51

52. Zotero version 2 : création d’un compte
Le compte Zotero permet de :
• Sauvegarder en ligne sa
bibliothèque, et de travailler
depuis plusieurs ordinateurs
• Partager des références avec des
groupes publics ou privés
52

53. Zotero version 2 : création d’un compte
Courriel de validation : cliquer sur le lien
53

54. Zotero version 2 : synchronisation (1/3)
Configurer les paramètres de synchronisation
Préférences > Sync
Il est possible de stocker en ligne sur le site de
Zotero les fichiers (pdf par exemple)
attachés aux références (max. 100 Mo)
54

55. Zotero version 2 : synchronisation (2/3)
Bibliothèque en ligne
Lancer la
synchronisation,
consulter son état
55

56. Zotero version 2 : synchronisation (3/3)
§ Les fichiers attachés peuvent aussi être stockés en ligne et
synchronisés… mais nos accords avec les éditeurs interdisent ce
type d’usage.
§ Synchronisation de 2 postes sur lesquels existent une bibliothèque :
poste A (bureau - bibliothèque à partir de laquelle vous créez
votre bibliothèque en ligne) et poste B (chez vous - autres
références).
• Lorsque vous synchroniserez le poste B avec votre bibliothèque en
ligne, les références de la bibliothèque du poste A s’ajouteront à
celles du poste B.
• Par prudence, faire une sauvegarde de la bibliothèque du poste B
(export en format Zotero RDF).
• Par prudence, désactiver la synchronisation automatique et
privilégier les restaurations totales
56

57. Zotero version 2 : groups (1/4)
Créer un groupe
57

58. Zotero version 2 : groups (2/4)
Types de groupe
§ Groupes privés
• Seuls les membres du groupe et les invités peuvent voir la page du
groupe
• Ces groupes n’apparaissent pas dans la recherche de groupe
§ Groupes publics, adhésion restreinte
• La page du groupe est visible, mais il faut une invitation pour le rejoindre
• Si le groupe a une bibliothèque, les administrateurs du groupe peuvent
l’afficher ou la cacher complètement ou en partie
§ Groupes publics, adhésion ouverte
• La page du groupe est visible, et tout le monde peut le rejoindre
• Si le groupe a une bibliothèque, les administrateurs du groupe peuvent
l’afficher ou la cacher complètement ou en partie
58

59. Zotero version 2 : groups (3/4)
§ Trois rôles
• Administrateur modifier le statut public/privé du
groupe, les rôles des membres et le paramétrage de la
bibliothèque du groupe
• Propriétaire du groupe idem + supprimer le groupe ou en
transférer la propriété à un autre membre
• Membre
§ Paramétrage des droits sur la bibliothèque
• Library reading
Autoriser la consultation de la bibliothèque à n’importe qui, seulement aux
membres du groupe ou seulement aux administrateurs
• Library editing
Autoriser la modification de la bibliothèque seulement aux membres du groupe
ou seulement aux administrateurs
59

60. Zotero version 2 : groups (4/4)
Page du
groupe
Bibliothèque du groupe : ajout d’un élément par
glisser-déplacer depuis sa propre bibliothèque
NB : l’élément est copié, un nouvel élément est créé
60

61. Pour aller plus loin
§ Liste complète des styles bibliographiques disponibles
http://www.zotero.org/styles
§ Liste des sites compatibles
http://www.zotero.org/translators
§ Trucs et astuces
http://www.zotero.org/support/tips_and_tricks
§ Tutoriels video
http://www.zotero.org/support/screencast_tutorials
§ Créer son propre style bibliographique
http://www.zotero.org/support/dev/creating_citation_styles
§ Zotero francophone (blog)
http://zotero.hypotheses.org/
61

62. Avant de partir…
Un petit questionnaire d’évaluation de la
formation, qui se remplit en 2 minutes :
tinyurl.com/formupmc
Merci d’avance
(+ effacez vos références et vos identifiants
dans Zotero!)
62

63. FIN
Merci de votre attention
Présentation réalisée avec
63