La bandera del INEM de Popayán representa los colores blanco, amarillo y azul. El blanco simboliza la armonía y la paz en el ambiente laboral y entre instituciones. El amarillo representa la luz y la capacidad para crecer personalmente y servir a la sociedad. El azul significa el aire y el agua como origen de la vida, y las aspiraciones e ideales colectivos e individuales.