La bahía sufre múltiples impactos antropogénicos no sustentables como la alta urbanización, destrucción del hábitat, contaminación por descarga de aguas servidas y luminica, y remoción de dunas que han causado una baja biodiversidad y afectado negativamente el ecosistema marino debido a la falta de fiscalización, educación ambiental y una legislación débil sobre el desarrollo costero.