Las autonomías idígoras y pachi se remontan a la época prehispánica, cuando estas comunidades indígenas ya tenían sus propias formas de autogobierno y administración de recursos. Tras la conquista española se mantuvieron algunas de sus instituciones tradicionales aunque bajo el control del Estado. En la actualidad gozan de mayor autonomía al reconocerse sus sistemas propios de justicia y organización territorial.