San Martín nació en 1778 en Yapeyú, Argentina. Se trasladó a España en 1784 cuando su padre fue destinado a Málaga. En 1789 comenzó su carrera militar como cadete en el regimiento de Murcia, luchando contra los corsarios berberiscos en Melilla y resultando herido en Orán en 1791. Continuó su carrera militar en el ejército español, luchando en la campaña del norte de África y siendo ascendido a subteniente en 1793 por sus acciones en los Pirineos frente