Naruto finalmente se enfrenta a Pain en una gran pelea que causó sensación en todo el mundo shonen. Aunque Pain es extremadamente poderoso, Naruto ha crecido más fuerte desde su último enfrentamiento, habiendo desarrollado el Modo Chakra que aumenta su velocidad y poder. A pesar de los múltiples cuerpos de Pain, Naruto demuestra ser el más fuerte y finalmente prevalece sobre Pain.