El organigrama de la Escuela Villa Macul describe las posiciones y relaciones jerárquicas entre el Director del Centro, el Consejo de Profesores, la Secretaría, las Inspectoras Generales Jefes, los Profesores Orientadores, los Profesores Jefes, los Profesores Asignados, los Profesores de Educación Diferenciada, el Centro de Salud Educativa Parvularia y los Asistentes de la Educación que reportan al Director, y los Alumnos y Profesores al final.