La organización tiene una estructura jerárquica con una Dirección general a cargo de supervisar cinco áreas principales: Auditoría Interna, Administración, Gestión Pedagógica, Gestión Institucional y un Consejo Participativo de Educación. Dentro de la organización existen diferentes centros y programas educativos como un Centro Base, un CEI, Colegios, Escuelas y Programas.