Fuuka entrenó con Jiraya para aprender el Rasengan y mejorar el control del Kyubi. Luego tuvo una batalla con Sasuke después de que este traicionara la aldea para unirse a Orochimaru en busca de más poder. Aunque Fuuka desbloqueó la primera cola del Kyubi, Sasuke resultó victorioso. Más tarde, Fuuka entrenó durante 2 años más con Jiraya para prepararse para la amenaza de Akatsuki, quienes buscaban capturarlo por ser el jinchuriki del Kyubi.