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One of the applications of E. coli genome-scale model is in the biological discovery of underground metabolic functions of partially characterized genes and/or enzymes. Here we report for the first time, a failed prediction of atpE gene knockout of no growth in the most recent E. coli reconstruction iJ01366 model, and a positive experimental growth on glucose, enabling a model-driven biological discovery of the underground metabolic function of this gene in E. coli metabolism. These findings unfolded what could be described as either scope gaps in the reconstruction or true biological gaps (knowledge gaps) on the missing atpE gene function in E. coli metabolism. This study informs other studies that the gaps could be pursued into the E. coli metabolism, leading to a model-driven discovery in the future. This can be achieved by using gap filling algorithms (such as GrowMatch, SMILEY

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La sensibilidad al cobre por parte de microorganismos biolixiviadores es uno de los principales problemas que enfrenta la minería para mejorar los procesos de biolixiviación. En tal sentido, nosotros evaluamos la resistencia al cobre de un consorcio microbiano conformado por Sulfobacillus spp., y Acidithiobacillus ferrooxidans, el cual se propagó, en bioreactores de tanque aireado y agitado de 1 L, los cuales contenían medio 9K suplementado con hierro y concentraciones crecientes de cobre (200 mM, 400 mM, 600 mM, 800 mM y 1,000 mM) a 30°C con un pH de 1.6 durante 96 horas. Se colectó una muestra de cada biorreactor cada 8 horas, para realizar análisis, microscópicos y moleculares, además el cultivo del consorcio en placa mostró una resistencia al cobre hasta 1,000 mM.

Resistencia extrema al cobre por un consorcio bacteriano conformado por Sulfo...

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