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1. NEWBLER
GS De Novo Assembler, GS Reference Mapper, SFF Tools
• Caracterís*cas de Newbler como Ensamblador De Novo
• Ejemplo de ensamble con archivos SFF
• Ejemplo de ensamble con archivos fastQ
• Ejemplo de Ensamble Híbrido Velvet ‐ Newbler

2. Overlap‐Consensus‐Layout (Batzouglou, S. 2005)
Genera una gráfica que representa cada lectura como un nodo y el
sobrelape entre lecturas como un arco que las une.
Recorre la gráfica en busca de los ‘mejores caminos’ para generar con*gs.
Es un método eficiente para trabajar con lecturas largas porque existen
menos ambiguedades en la búsqueda de los ‘mejores caminos’.

3. NEWBLER
U*liza la aproximación de
Overlap‐Consensus‐Layout
Primero genera con*gs usando las lecturas largas que mejor sobrelapan
Posteriormente usa las lecturas más cortas para extender los con*gs
Finalmente usa las lecturas pareadas para extender y orientar con*gs en scaffolds

4. Newbler u*liza principalmente archivos SFF
SFF ‐ Standard Flowgram File
Acepta tambíen archivos en formato Fasta y FastQ
Lí nea de Comandos

5. Despliegue Gráfico

6. runAssembly
GY3XKNK04.sff (paired‐end)
315711 reads, 105249267 bases, 149947 paired reads
Assembly computation succeeded
11 sacaffolds, 303 large contigs
Ensamble con Newbler : Línea de comandos

7. Newbler genera varios archivos de salida

8. Path = ../GY3XKNK04.sff
numberWithBothMapped = 147697
numWithOneMapped = 630
numWithMultiplyMapped = 943
numWithBothUnamapped = 677
numAlignedReads = 460110, 99.17%, 98.81%
numAlignedBases = 92195459, 99.35%, 87.60%
numberOfReads = 315711, 463972
numberOfBases = 105249267, 92797333
numWithPairedReads = 149947
NewblerMetrics

9. numberWithBothMapped = 147697
numWithOneMapped = 630
numWithMultiplyMapped = 943
numWithBothUnamapped = 677
numAlignedReads = 460110, 99.17%, 98.81%
numAlignedBases = 92195459, 99.35%, 87.60%
numberOfScaffolds = 11
numberOfBases = 7280097
avgScaffoldSize = 662645
N50ScaffoldSize = 1151677, 3
largeScaffoldSize = 1541816
numberOfScaffoldContigs = 286
numberOfScaffoldContigBases = 7224747
avgScaffoldContigSize = 25261
N50ScaffoldContigSize = 47251, 50
largestScaffoldContigSize = 268843

10. scaffold00001
1 2526
contig00001 1 2526
352 fragment
397077 397428
scaffold00001
Scaffolds.txt

11. Usamos programa MUMMER para saber si Newbler
reconstruyó los con*gs de velvet correctamente
mummerplot Despliegue gráfico
nucmer ‐‐coords

12. Ensamble Híbrido
Genoma ensamblado con secuencias de Illumina y 454

13. con*gs.fa
Los con*gs de velvet se dividen
en secuencias sobrelapadas
Archivo
fasta‐velvet
Newbler
454 ‐ archivo sff
+ Archivo
fasta‐velvet
archivo sff
Con*gs de Velvet
reensamblados
Velvet
Scaffolds de newbler con
información de velvet

14. Mediante un script de perl se ´fragmentan´ los con*gs de velvet
numberOfScaffoldContigs = 67
velvet51_contigs200.fa
numberOfContigs = 85