1. Sistema de tres dominios
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El sistema de tres dominios es una clasificación biológica propuesta por Carl Woese
en 1990, que enfatiza la separación de los procariotas en dos grupos, originalmente
llamados Eubacteria y Archaebacteria. Woese se basó en diferencias en la secuencia de
rRNA “16s”, para concluir que estos dos grupos y los eucariotas se desarrollaron por
separado de un progenitor común que tenía una maquinaria genética poco desarrollada.
Árbol filogenético basado en datos del rRNA , mostrando la separación de bacterias,
archaea, y eukaryotas.
Para describir estas tres grandes ramas, Woese se permitió tratarlas como dominios, a su
vez divididos en varios reinos. Los grupos fueron renombrados como Archaea, Bacteria
y Eucariota, siempre promoviendo la separación de los dos grupos procariotas.
Aunque rápidamente la mayoría de los sistematistas moleculares aceptó el sistema de
tres dominios, algunos biólogos como Mayr lo criticaron por dar demasiado énfasis a la
singularidad de las archaebacterias y por ignorar las fuertes similitudes genéticas entre
los grupos. Estudios posteriores han confirmado que la membrana de las células de las
arqueas tiene una composición inusual, así como la estructura de sus flagelos. Otras
diferencias significativas son los sistemas de las arqueas para la replicación del ADN y
la transcripción, que son bastante diferentes a las de los eucariotas. Por ejemplo, las
ARN polimerasa de las arqueas constan de hasta 14 subunidades, mientras que las ARN
polimerasa de las bacterias sólo tiene 4 subunidades. Los análisis de dichas subunidades
sugieren que están más estrechamente relacionadas a las encontradas en los eucariotas.
Así también, las arqueas producen un número de proteínas de unión al ADN similar a
las histonas de los eucariotas.