Implementación de un ácido nucleico (cadena de DNA) extraido del Protein Data Bank en Geant4-DNA

1. Diego Luis Montufar Hidalgo2020

2. Introducción
Diego MontufarHidalgo
El Protein Data Bank (PDB) es un depósito mundial de información sobre las estructuras 3D de
grandes moléculas biológicas, incluidas las proteínas y los ácidos nucleicos.
Datos obtenidos mediante cristalografía de rayos X o resonancia magnética nuclear.
Diferentes investigadores de todo el mundo; una comunidad internacional de usuarios,
incluidos biólogos (en campos como biología estructural, bioquímica, genética,
farmacología), otros científicos (en campos como la bioinformática, desarrolladores de
software para análisis y visualización de datos); estudiantes y educadores (todos los
niveles), van añadiendo datos sobre cualquier proteína que hayan estudiado a fondo:
secuencia (aminoácidos que la forman y en qué orden), geometría (cómo se pliega, qué forma
global tiene), propiedades físicas y función (si son enzimas, proteínas estructurales,

3. Formato PDB
Diego MontufarHidalgo

4. Diego MontufarHidalgo
Formato PDB

5. ADN en PDB
Diego MontufarHidalgo
Drew, HR, Wing, RM, Takano, T., Broka, C., Tanaka, S., Itakura, K. y Dickerson, RE (1981). Estructura de un
dodecamer B-DNA: conformación y dinámica. Proc. Natl. Acad. Sci. Estados Unidos , 78 , 2179-2183.

6. Diego MontufarHidalgo
Drew, HR, Wing, RM, Takano, T., Broka, C., Tanaka, S., Itakura, K. y Dickerson, RE (1981). Estructura de un
dodecamer B-DNA: conformación y dinámica. Proc. Natl. Acad. Sci. Estados Unidos , 78 , 2179-2183.
ADN en PDB

7. Diego MontufarHidalgo
Drew, HR, Wing, RM, Takano, T., Broka, C., Tanaka, S., Itakura, K. y Dickerson, RE (1981). Estructura de un
dodecamer B-DNA: conformación y dinámica. Proc. Natl. Acad. Sci. Estados Unidos , 78 , 2179-2183.
ADN en PDB

8. Diego MontufarHidalgo
Zheng G., Lu XJ y Olson WK (2009). Web 3DNA: un servidor web para el análisis, la
reconstrucción y la visualización de estructuras tridimensionales de ácido nucleico. Nuc.
Acidos Res. 37 (problema del servidor web), W240-W246
ADN en PDB

9. PDB en Geant4-DNA
Diego MontufarHidalgo
E. Delage , QT Pham , Yann Perrot PDB4DNA: Implementation of DNA geometry from the Protein Data Bank (PDB)
description for Geant4-DNA Monte-Carlo simulations. Publicado 2015

10. Diego MontufarHidalgo
PDB en Geant4-DNA

11. Diego MontufarHidalgo
PDB en Geant4-DNA

12. Diego MontufarHidalgo
PDB en Geant4-DNA

13. Diego MontufarHidalgo
PDB en Geant4-DNA

14. MIL GRACIAS