Moteur de recherche en sciences biomédicales (contient Medline)

1. PUBMED
Version Mars 2015 ND & SM

2. Présentation générale
PubMed comme Public Medline ou Publisher in Medline.
PubMed est une interface d’interrogation gratuite qui permet l’accès à la base MEDLINE,
la base de données biomédicale de la National Library of Medicine(NLM).
PUbMed donne accès à plus de 23 millions de références bibliographiques des articles
contenus dans Medline.( plus de 5600 journaux biomédicaux).
Les références sont quotidiennement mises à jour dans la base(sauf le dimanche).
Medline est accessible sur Pubmed mais aussi via EBSCOhost et le Web of Science.
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3. Accès à PubMed
A partir du site web des bibliothèques universitaires AMU, onglet Documentation, voire Liste des
ressources électroniques. Saisir dans la barre de recherche Pubmed .
Cliquez sur le lien PubMed.
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4. 5 types de références
• [PubMed – in process] :
référence en cours d’indexation.
• [PubMed] : référence d’article
publié dans une revue non
répertoriée dans MEDLINE.
• [PubMed - as supplied by
publisher] : référence envoyée
directement dans PubMed par
l’éditeur.
• [PubMed – indexed for MEDLINE]
: référence validée et indexée par
Medline.
• [PubMed – OLDMEDLINE] :
Références de la base
OLDMEDLINE.
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5. La recherche simple
Utile pour rechercher un auteur : on saisit dans la barre de recherche le nom de famille suivi de(s)
initiales sans ponctuation. On lance la recherche avec Search.
Si l’on saisit uniquement le nom, «l’automatic term mapping» recherchera le nom dans tous les
champs, ce qui multipliera le nombre de réponses.
Utile pour une revue, soit au nom complet, soit par l’abréviation ou par issn
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6. Les limites de la recherche simple
Lorsque la recherche se fait sans précision de champ, l’Automatic Term Mapping va chercher dans
différents champs. Elle va faire le lien avec le terme MESH(dry socket)s’il existe, éclater et multiplier les
champs de recherche[All Fields].
Tout cela explique le nombre très élevé de références.
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7. •
Dans ma barre de recherche :
L’utilisation des guillemets pour une expression limite le nombre de références en désactivant
l’Automatic Term Mapping et l’explosion des mots clefs MESH.
Rappel :
L’Automatic Term Mapping permet une recherche automatisée dans des tables de correspondance
(termes Mesh - journaux - auteurs) lorsque dans la barre de recherche simple aucune indication précise
n’a été ajoutée.
L’explosion permet de chercher pour un terme MESH l’ensemble des termes qui sont hiérarchiquement
inclus dans la notion. Ex:
L’utilisation des opérateurs booléens AND, OR & NOT permet d’établir des liens entre plusieurs termes.
Sans précision, et & ou se combinent automatiquement entre les mots saisis dans la barre de
recherche.
Il n’est pas pertinent de multiplier les termes dans la barre de recherche simple. Mieux vaut l’utilisation
de la recherche avancée.
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8. Advanced : la recherche avancée
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41 index de
recherche
Choix des opérateurs booléens

9. Choisir un index sujet
Parmi les index, 3 vous sont proposés pour les mots sujet.
MeSH Major Topic : rechercher un terme MeSH qui est le sujet principal de l’article.
MeSH Subheading : qualificatif qui peut être associé à un MeSH Term pour décrire un aspect particulier.
MeSH Terms : mot clé issu du MeSH(Medical Subject Heading)qui décrit l’ensemble ou une partie de
l’article.
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10. Lecture de la liste des résultats
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1 Description bibliographique de la notice : titre de l’article, auteurs, titre de la revue, date parution.
Les filtres.
Filter your results.
New feature. Tri par pertinence.
PubMed Central : Archives ouvertes de PubMed
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3
4
5
1
2
5
3

11. Affiner vos résultats avec les filtres
Préciser le type d’articles avec « more »: review, systematic reviews, clinical trial …
Cocher votre sélection. Elle s’affichera en haut à gauche. Cocher à nouveau votre sélection pour valider votre tri.
C’est OK !
Choix de filtres : Text availability ; Dates ; Species ( aspect clinique ou expérimental)
Show additional filters : 10 filtres supplémentaires
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1
1
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12. Choix des paramètres de présentation : Display Settings
Choisissez le format, le nombre de références par page ou trier par pertinence, date de publication …
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13. Le format Abstract
Visualiser en un clic :
• Le résumé
• Suivre le lien avec le résolveur
« SMASH » qui fait le lien avec le
texte intégral, en fonction des
abonnements de votre université.
• Découvrir les « MESH terms » :
lien actif
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14. Personnaliser vos références
Pour sélectionner vos références, passer par le menu « Send to »:
Le «clipboard», votre panier de sélection, permet de conserver des références préalablement cochées.
Une fois enregistrées dans le clipboard, vos références apparaissent avec la mention en orange « item
in clipboard ». Pour accéder à votre clipboard, cliquer sur item. Votre clipboard est conservé 8 heures.
Dans le clipboard, cliquer sur «send to» pour envoyer vos références par e-mail, les sauvegarder en
sélectionnant « collections » ou les imprimer avec file »
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15. My NCBI - un espace personnalisé
Vous pouvez conserver les résultats de vos recherches au-delà de 8 heures en vous créant un compte.
Pour cela, cliquer sur « Sign in to NCBI »et renseigner le formulaire d’inscription.
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16. My NCBI
Retrouver dans votre espace personnalisé vos collections, vos recherches sauvegardées, votre
bibliographie, vos filtres de recherche. Chacun de ces espaces est modifiable.
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17. Send to my collections
Une fois votre compte créé, votre nom s’inscrit dans le bandeau supérieur. Cocher les références de
votre choix et sélectionnez collections.
Une collection est un dossier de références que vous pouvez nommer et conserver dans votre « NCBI ».
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18.  Une boîte de dialogues vous propose soit d’ajouter vos références dans une de vos collections, soit de
créer une nouvelle collection.
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19. Saved Search Setting: Sauvegarder vos recherches et faire de
la veille documentaire.
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Conserver vos équations de
recherche et/ou choisissez la
fréquence d’envois de nouveaux
articles sur la même thématique.

20. Historique de recherche
PubMed enregistre vos recherches lors d’une session et les conserve 8 heures. Aller dans Advanced et
retrouvez votre historique de recherche. Un clic gauche sur le n°de la recherche vous offre un menu
déroulant et diverses possibilités.
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21. Rechercher avec le MESH
Sélectionner MeSH dans le menu déroulant de la page d’accueil ou aller dans « More Ressource » et
sélectionner « MeSH Database ».
Rappel : MeSH=Medical Subject Headings est le thésaurus de la National Library of Medicine (NLM)
utilisé pour indexer les articles dans Medline.
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22.  Saisir votre terme de recherche. Le système affiche automatiquement la liste de mots en relation
avec le terme saisi. Sélectionner la notion de votre choix et lancer la recherche avec « search ».
Une liste de résultats s’affiche. Cliquer sur le « MeSH term » choisi pour développer la notion.
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L e MeSH Term s’affiche avec une définition, les
qualificatifs Subheadings permettant de préciser la
notion, l’environnement sémantique(arborescence),
la limitation aux MeSH Major Topic et le choix
d’exclure les mots clés plus spécifiques inclus sous le
MeSH Term.
Valider votre MeSH Term en cliquant sur « Add search
builder ». Rajouter si besoin des notions avec les
opérateurs booléens. Votre équation de recherche se
construit dans « PubMed Search Builder ».
Enfin, lancer la recherche avec « Search PubMed »

24. Single Citation Matcher
Vérifier et compléter une référence dont vous n’avez que quelques éléments.
Par exemple, renseigner uniquement la volumaison et retrouver l’article précis .
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