MANUAL DE USUARIO Y EJEMPLO DE MODELACION EN UN SOFTWARE. RASMOL, PROYECTO FINAL DE QUÍMICA

1. RASMOL.
SOFIA MEDIORREAL RUIZ.
NOVENO.
COLEGIO MANDALAY.
PROYECTO DE QUIMICA.

2. ¿ QUE ES RASMOL?
 Necesitamos saber química básica para la compresión de este programa, como
enlaces covalentes y no covalentes para compuestos simples y para unos mas
complejos es necesario saber concepto hidrófilo e hidrófobo.
 Para el uso de este programa deberá tener en cuenta de que es necesario tener un
dispositivo donde puedas hacer descargas de archivos.
 Ya que RASMOL no esta completo por si solo, deberá comprender que lo llevara a
navegar en varias paginas para que su trabajo sea complejo y guiado por las
mismas.

3. MANUAL DE USUARIO.
Es un programa desarrollado por Roger Sayle para poder visualizar la estructura de
las moléculas, este es un programa libre y de código abierto.
 CARACTERSTICAS PRINCIPALES DEL PROGRAMA.
1. Cuando el programa es iniciado podemos ver dos ventanas: ventana grafica (negra) y
ventana de comandos (blanca). La estructura de cada molécula esta guardada en PDB.
2. Para poder visualizar las moléculas una por una, para esto hay que cerrar el fichero y abrir
uno nuevo la variante RASWIN-UCB permite ver 5 moléculas al tiempo
3. La grafica del menú tiene lo siguiente: FILE (archivo), EDIT(editar), DISPLAY(monitor),
COLOURS(colores), OPTIONS(opciones), EXPORT(exportar), HELP(ayuda).
4. La molécula se puede manipular fácilmente con el mouse( ratón).

4. ACCION CON EL RATON. WINDOWS. MACINTOSH.
ROTAR X,Y. IZQUIERDA. NO MODIFICADO.
TRASLADAR. DERECHA. COMANDO*.
ROTAR Z. SHIFT DERECHA. SHIFT-COMMANDO*.
ZOOM. SHIFT IZQUIERDA. SHIFT.
PLANO SECCIONADO. CTRL IZQUIERDA. CTRL.

5. MANUAL DE USUARIO.
 BARRAS DE DESPLAZAMIENTO (SCROLL).
Atraviesa la parte inferior del marco, esta se usa para rotar
la molécula sobre el eje x. Su punto inicial es el centro de
la barra, puede ser operada en dos formas.
1. Pulsando cualquier botón del ratón indicando una
rotación relativa a la actual.
2. Picando una de las barras rotando las moléculas en
valores fijos.
Su ángulo para que gire depende del tamaño de la
ventana.

6. MANUAL DE USUARIO.
 PICANDO.
Rasmol permite al usuario picar sobre cualquier objeto que esta en la
pantalla, se debe tener en cuenta que siempre el puntero se debe
encontrar sobe el objeto que se va a seleccionar.
Clicar el ratón sobre un átomo puede ser una forma de identificarlo
(orden identify), pero también para hallar las distancias (distances)
entre dos átomos (o para activar un monitor distante (distance
monitor)), o el angulo de enlace (the bond angle) definido por 3
átomos, el angulo de torsión (torsion angle) definido por 4 átomos,
activar o desactivar las etiquetas (labels on o off), o para especicar el
centro de rotación (center of rotation).

7. MANUAL DE USUARIO.
 INTERFACE DE LINEA DE COMANDOS
Permite ejecutar comandos de forma interactiva, cada uno de los
ordenes se debe dar de forma separada estos comandos no
diferencian las mayúsculas de las minúsculas. Lo único que se toma
en cuenta son las palabras claves de los comandos, los delimitadores
de comandos son comillas dobles o sencillas (256 caracteres), si no
hay cierre de comillas se permite el uso de comentarios dentro de
los comandos.
Si hay errores en el comando o este no es reconocido RosMol dará
un aviso, y hará lo mismo si el texto posee información no requerida.

8. MANUAL DE USUARIO.
 DIMENSIONES EN RASMOL.
Rasmol creo unidades de dimensiones para poder especifica los valores de tamaño.
Un rasmol equivale a 1/250 Angstrom, ya que su valor son cientos se da una
distancia que no contenga decimales lo cual seria un rasmol, pero para convertirlas
en Angstrom se pone un punto decimal en el numero.
POR EJEMPLO:
El comando 'spacefill 300' especifica una esfera con un radio de 300 unidades
RasMol, o sea 1.2 Angstroms.

9. MANUAL DE USUARIO.
INICIALIZACION.
• ARCHIVOS DE INICIALIZACION DE ARRANQUE:
1. Se busca el archivo en el directorio actual de el usuario para la ejecución del programa.
2. En cualquier plataforma se implementa la comunicación entre procesos.
3. Se registra ante el servidor por una aplicación, se ejecutaran todos los comandos antes de
refrescar la pantalla.
4. En Microsoft Windows soporta un protocolo DDE complejo, en Apple Macintosh soporta 4 sucesos
del nucleo (abrir aplicación, abrir documento, imprimir documento y salir del todo).

10. MANUAL DE USUARIO.
REFERENCIA DE ORDENES.
BACKBONE. BACKGROU
ND.
BOND. CARTOON. CENTRE. CLIPBOARD. COLOUR. CONNECT.
CPK. DEFINE. DEPTH. DOTS. ECHO. ENGLISH. EXIT. FRENCH.
HBONDS. HELP. ITALIAN. LABEL. LOAD. MOLECULE. MONITOR. PAUSE.
PRINT. QUIT. REFRESH. RENUNMBE
R.
RESET. RESTRICT. RIBBONS. ROTATE.
SAVE. SCRIPT. SELECT. SET. SHOW. SLAB. SOURCE. SPACEFILL.
SPANISH. SSBONDS. STAR. STEREO. STRANDS. STRUCTURE. TRACE. TRANSLATE.
UNBOND. WIREFRAME. WRITE. ZAP. ZOOM.

11. MANUAL DE USUARIO.
PARAMETROS INTERNOS.
 Contiene ciertos parámetros que pueden ser modificados, controlan opciones del
programa como opciones de presentación y el mapa de botones del ratón.
AMBIENT. AXES. BACKGROUN
D.
BACKFADE. BONDMODE. BONDS. BOUNDBOX. CARTOON.
CISANGLE. DISPLAY. FRONTSIZE. FRONTSTOKE
.
HBONDS. HETERO. HOURGLASS. HYDROGEN.
KINEMAGE. MENUS. MONITOR. MOUSE. PICKING. RADIUS. SHADEPOWE
R.
SHANDOW.
STEREO. SLABMODE. SOLVENT. SPECULAR. SPECPOWER. SSBONDS. STRANDS. TRANSPAREN
T.
UNITCELL. VECTPS. WRITE.

12. MANUAL DE USUARIO.
6. EXPRESIONES ATOMICAS:
 Se identifican en un grupo de átomos dentro de una molécula.
 Se componen de expresiones primitivas, conjuntos predefinidos, comparación, expresiones
internas, o combinaciones lógicas.
 Para cada átomo se evalúa su expresión.
EJEMPLO:
Expresión Interpretación * Todos los átomos cys átomos de cisteínas hoh átomos heterogéneos o moléculas
de agua as? átomos de asparagina o ácido aspártico *120 átomos en el residuo 120 de todas las cadenas *p
átomos en la cadena P *.n? átomos de nitrogeno cys.sg átomos de azufre en residuos de cisteina ser70.c?
átomos de carbono en la serina 70 hem*p.fe átomos de hierro en los grupos hemo de la cadena P *.*;A Todos
los átomos en comformación alternativa A */4 Todos átomos del modelo 4 .

13. MANUAL DE USUARIO.
EXPRESIONES ATOMICAS.
EXPRESIONES
PRIMITIVAS.
• Son fundamentales para las
expresiones de átomos.
• Identifica el numero de un
residuo.
• Especifica los átomos dentro de
el residuo.
• Un nombre de un átomo consta
de 4 caracteres alfabéticos o
numéricos.
• Un asterisco (*) se usa para un
campo completo, y un signo de
interrogación de cierre (?) es un
comodín de un solo carácter.
OPERADORES
COMPARATIVOS.
• Las partes de la molecula se pueden
distinguir usando igualdad,
desigualdad y orden.
• Las expresiones de comparación tienen
nombre, operador y valor entero.
• Las propiedades del atomo que se usan
para operadores comparativos son: n°
de serie del atomo, numero atomico,
numero de residuo, unidades de
RasMol y temperatura PDB.
• El operador de igualdad es indicado
como "=" o como "=="; El de
desigualdad como "<>", "!=" o "/=".
Los operadores de orden son "<" para
"menor que", "<=" para "menor o igual
que"; ">" para "mayor que" y ">=" para
"mayor o igual que".
EXPRESIONES “EN”.
• Permite seleccionar átomos en la
proximidad de otros.
• Esto tiene 2 parámetros, uno que
es la distancia de corte y el otro la
expresión atómica valida.

14. MANUAL DE USUARIO.
 FORMATOS DE ARCHIVOS.
Es un archivo de datos macromoleculares, un formato uniforme para almacenar
coordenadas atómicas. Los archivos PDB se usa registrando un identificador.
ATHOM y HETATM son los que describen cada átomo, contienen nombres estándares
y abreviaturas.
HEADER, COMPND, HELIX, SHEET, TURN, CONECT, CRYST1, SCALE, MODEL, ENDMDL,
EXPDTA y END, son otros formatos de archivo que usa RosMol.

15. TUTORIALES Y
DESCRIPCION DE
VIDEOS.

16. VIDEO 1.
 ENLACE.
https://www.youtube.com/watch?v=VtGHD3g
cc_A
 DESCRIPCION.
Este video es explicado en ingles pero sus imágenes y
como se desenvuelve nos ayuda muchísimo a entender,
nos muestra diferentes paginas que nos ayudaran a la
ejecución de Ras Mol, enseña paso por paso lo que
debemos hacer para un buen manejo de este programa.
Este video es hecho en un Microsoft Windows entonces
nos muestra características comunes que son copiar,
pegar, guardar como,etc.
Describe sus partes, como hacer una modelación, agregar
colores, para que sirven muchas de sus opciones.
Te ayudara en gran parte a entender como funciona Ras
Mol y las mejores formas de como usarlo.

17. VIDEO 2.
 ENLACE.
https://www.youtube.com/watch?v=j_5Q-sSHvtM
 DESCRIPCION.
Este video de la misma forma que el anterior es explicado en
ingles, su introducción al programa es mucho mas breve pues
muestra y explica muy pocas de sus opciones.
Da como ejemplo la molécula de una aspirina a la cual le
cambia la forma, nos muestra como girarla, zoom y opciones
que se generan con el mouse (ratón).
Nos muestra en donde podemos obtener información acerca
de RasMol como su manual de usuario, ejemplos, etc.
Como en el anterior video este también es manejado en un
Microsoft Windows lo cual muestra las mismas características.
Este video nos explica mas acerca de opciones que se pueden
generar sobre la molécula.

18. MODELACION EN
RASMOL DE ATP.

25. CIBERGRAFIA.
 www.umass.edu/microbio/rasquick.htm
 http://www.drugbank.ca/structures/small_molecule_drugs/DB00171.SDF
 www.openrasmol.org/doc/rasmol.html
 Teleformacion.edu.aytolacoruna.es/EQUIMICA/document/software/softw.htm
 www.bernstein-plus-sons.com/software/RasMol_2.7.3/doc/esrasmol27.htm