La Municipalidad Provincial de Calca tiene una estructura orgánica que incluye un Consejo Municipal, Comisión de Regidores, Secretaría General y Gerencia Municipal. La Gerencia Municipal supervisa varias subgerencias y oficinas relacionadas con administración, finanzas, planificación, presupuesto, racionalización, informática, tributos, logística, contabilidad y personal. Adicionalmente, existen varios comités de gerencia, vigilancia ciudadana, seguridad ciudadana y gestión ambiental, así como una Junta de Delegados.