Manuel Prado fue elegido presidente del Perú en 1939 con el apoyo del presidente Benavides sobre otro candidato. Aunque el APRA no podía presentarse, Prado era civil. El Perú apoyó indirectamente a los Aliados en la Segunda Guerra Mundial y rompió relaciones con los países del Eje en 1941. Hubo conflictos limítrofes con Ecuador sobre Tumbes, Jaén y Maynas que llevaron a una corta guerra en 1941 resolviéndose con el Protocolo de Río de Janeiro en 1942. Los candidatos para 1945 fueron Eloy U