Los tres principales problemas de contaminación de los humedales de Bogotá son: 1) el vertimiento de aguas residuales domésticas e industriales debido a malas conexiones de alcantarillado, 2) la disposición de residuos sólidos como plásticos y llantas, y 3) la sobrecarga de los humedales que reduce su capacidad para albergar agua y desechos, degradando el hábitat de la fauna y flora.