El Deportivo Pereira fue fundado en 1948 por un grupo de personas de diversas ocupaciones como taxistas, zapateros y contadores. Debutó profesionalmente en 1949 en el Campeonato Colombiano. A lo largo de su historia ha jugado en la Primera A y B, obteniendo sus mejores resultados en 1952, 1962, 1966 y 1974 cuando fue tercero. Los jugadores paraguayos han dejado una gran influencia en la historia del club.