La Microbiología por lo tanto se ocupa de las bacterias o células procarióticas, de los microorganismos eucarióticos algas, hongos y protozoos; de los seres microscópicos carentes de organización celular, los virus y partículas subvirales, que son objeto de una rama de la Microbiología que es la Virología, Asimismo, estudia órganismos eucariotas pluricelulares, los helmintos y los artrópodos, que junto a con los protozoos, son objeto de estudio de manera específica de la Parasitología. A diferencia de otras ciencias biológicas, la Microbiología no define un grupo concreto de microorganismos y su estudio incluye todos los aspectos de los mismos. Pese a ello, la Microbiología posee unidad y coherencia y ha conservado su identidad e independencia, posiblemente debido a que no se ha desarrollado sobre una base taxonómica y filogenética, sino sobre técnicas de estudio. Es el método el principal aglutinante de la Microbiología.