La Real Audiencia de Quito se estableció en 1563 para gobernar los territorios del Virreinato del Perú que se encontraban lejos de Lima, incluyendo las provincias del norte como Pasto y Popayán, el sur como Piura y Cajamarca, y el este como la región amazónica. El primer presidente Hernando de Santillán llegó en 1564 y se encargó de organizar la nueva audiencia, fundando importantes hospitales en Guayaquil y Quito.