La reserva alberga una gran diversidad de aves residentes y migratorias como pelícanos, gaviotas y flamencos, así como peces, mamíferos marinos como lobos marinos y delfines, y una variedad de plantas acuáticas y algas. La flora terrestre incluye líquenes y hierbas que crecen en las lomas costeras que reciben neblina. La reserva sirve para proteger numerosas especies amenazadas que habitan en sus ambientes marinos y terrestres.

1. Fauna
La reserva tiene ambientes propicios en la costa para la conservación y tranquila
reproducción de numerosas especies de aves residentes y migratorias.
Entre las que más se encuentran están los pelícanos, la gaviota gris (Larus modestus),
zarcillo (Larosterna inca), rayador (Rynchops nigra), chorlo ártico (Pluvialis squatarola),
Chuita (Phalacrocorax gaimardi), guanay (Phalacrocorax bougainvilli), el cóndor, el
pingüino de Humboldt (en peligro de extinción) y las parihuanas o flamencos
(Phoenicopterus chilensis), entre otras especies.
Los peces que se encuentran en esta zona marítima son: el lenguado (Etropus extenes), el
toyo blanco (Mustelus whitneyi), el bonito (Sarda chilensis), el tramboyo, la raya, la chita,
sardina, anchoveta Engraulis ringens, pampanito, mero, corvina, lorna y otras muchas
especies.
Los mamíferos en esta reserva principalmente están representados por los lobos marinos de
un pelo o chusco (Otaria byronia), el lobo de dos pelos o lobo fino (Arctocephalus
australis), el bufeo (Delphinius delphis) y el gato marino (Lontra felina), éste, en peligro de
extinción.
También la reserva está poblada de tortugas laúd y verde, reptiles como lagartijas
(Microlophus spp.) y geckos (Phyllodactylus spp.), pulpos, calamar (Loligo gahi), almejas
y crustáceos como el carretero (Ocypode gaudichaudii), el cangrejo violáceo (Platyxantus
orbigny) y el muimuy (Emerita analoga).
Galería
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Lobos marinos en las Islas Ballestas
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Pingüinos de Humboldt en las Islas Ballestas

2. 
Pelícanos en las Islas Ballestas
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Lobos marinos en las Islas Ballestas
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Lobos marinos en la Isla San Gallán.
Flora
Esta parte del océano Pacífico es rica en fitoplancton y en algas. De acuerdo a las
investigaciones realizadas in situ, se han podido contabilizar más de 250 especies de algas,
tales como los yuyos (Gigartina chamissoi y Grapeloupia doryphora), la lechuga del mar
(Ulva fasciata forma costata), y el aracanto (Macrocystis integrifolia).
La flora terrestre cuenta pocas especies, debido a la extrema aridez del desierto. Sin
embargo, existen áreas en el desierto, denominadas lomas, que reciben un aporte constante
de neblinas costeras, en las cuales se desarrollan pequeñas comunidades de líquenes,
tillandsias, y algunas hierbas (entre las más comunes están las especies de Solanum y
Oxalis). La parte norte de la Reserva incluye amplias zonas recubiertas por Distichlis
spicata y un pequeño bosque de sofaique (Geoffroea decorticans),key y meylin wan.

3. Fauna
halcón peregrino
 Avifauna: entre migratorias y residentes, las que más destacan son: zambullidor de Junín
(endémica, en peligro de extinción), pato sutro (Anas flavirostris), pato jerga (Anas
georgica), pato puna (Anas puna), pato rana (Oxyura jamaicensis), huallata (Chioephaga
melanoptera), gallareta (Fulica ardesiaca), polla de agua (Gallinula chloropus), gallineta
negra (Laterallus tuerosi), flamenco o parihuana (Phoenicopterus chilensis), lique-lique
(Vanellus respiendens), cóndor (Vultur gryphus), halcón peregrino (Falco peregrinus),
gallareta gigante (Fufica gigantea) y gaviota andina (Larus serranus).
 Mamíferos: zorro andino (Pseudalopex culpaeus), comadreja (Mustela frenata), zorrino
(Conepatus chinga), vizcacha (Lagidium peruvianum), gato montés (Oncifelis colocolo) y
cuy silvestre (Cavia tschundii).

4.  Anfibios: rana de Junín (Batrachophrynus macrostomus), especie comestible.
 Peces: challhuas (Orestias spp. y Trichornycteris oroyae).
Muchas de estas especies se encuentran en peligro de extinción, situación vulnerable y
situación rara; en el caso de la rana de Junín, ésta ya está extinta.
Flora
 Diversidad florística: 1460 especies superiores, agrupadas en 120 familias y 560 géneros
conocidos hasta la fecha para toda la cuenca (lago Junín hasta la confluencia con el río
Apurímac).
 En las proximidades del Lago Junín, se han estudiado 155 especies vegetales; las familias
botánicas mejor representadas son las Poáceas (43 especies, 13 géneros), Asteráceas (15
especies, 12 géneros) y las Fabáceas (10 especies, 5 géneros). Hay un alto cultivo de maca.
Zonas de vegetación
1. Espejo de agua y lagunas:
Plantas acuáticas sumergidas: Myriophyllum quitense, Elodea potamogeton, Potamogeton
ferrugineus, Potamogeton filiformis, Utricularia sp.; también hay algunas algas como Chara
fragilis, Scytonema sp., Zygnema sp., Mougeofia sp., y plantas flotantes como Lemna sp.,
Spirodela sp., Azolla filiculoides.
1. Totorales:
Extensas formaciones crecidas a la orilla del lago, con un alto de hasta 2 metros. Hay de
dos tipos: Scirpus californicus var. tatora y Juncus artícus var. Andicola.
1. Pampa:
Plantas herbáceas de tamaño reducido. Las más representativas son el crespillo, garbancillo
y yareta.
1. Colinas de suave pendiente y cerros:
Pajonal de puna, Ichu.
Turismo
No es una actividad rentable para los pobladores de la zona. Aunque la laguna sea un
recurso importante tanto para el circuito procedente de Canta como para el que engloba el
Complejo de Conservación Junín, no hay infraestructura turística suficiente para recibir
visitantes; esto se puede apreciar clarament