Perú tiene tres principales cuencas hidrográficas: las cuencas del Pacífico, las cuencas del Amazonas y las cuencas del Titicaca. Las cuencas del Pacífico incluyen ríos como el Rímac y el Santa, pero la mayoría no son navegables. Las cuencas del Amazonas contienen ríos navegables como el Tigre y el Napo que son importantes para el comercio. Los lagos más grandes son el lago Titicaca y el lago Junín.