Las cuencas hidrográficas se dividen en 3 tipos: exorreicas, endorreicas y arreicas. La región de Puno contiene 12 cuencas, incluyendo la cuenca del Titicaca (endorreica), las cuencas del Pacífico y del Atlántico (exorreicas). La cuenca del Titicaca incluye los ríos Huancané, Ramis, Coata e Ilave, y desemboca en el lago Titicaca.