La película describe los eventos tres años después del inicio de las Guerras Clon, donde Obi-Wan Kenobi y Anakin Skywalker deben rescatar al Canciller Palpatine y eliminar a los líderes separatistas. Palpatine fortalece su amistad con Anakin para convencerlo de unirse al Lado Oscuro. Cuando la Orden Jedi descubre que Palpatine es realmente el Señor Sith Darth Sidious, los destinos de la República Galáctica y la Orden Jedi están en peligro.