La ciudad de Loja fue fundada dos veces por el Capitán Alonso de Mercadillo, la primera vez en 1546 en el valle de Garrochamba y la segunda en 1548 en el valle de Cuxibamba con el nombre de La Inmaculada Concepción de Loja. Loja se convirtió en la capital de la Gobernación del Yaguarzongo y una ciudad fortaleza desde donde salían los conquistadores. Loja fue una de las principales ciudades fundadas durante la conquista y contaba con un monasterio y 16 pueblos bajo su jurisdicción.