La bandera del colegio María Auxiliadora representa los colores rosado y azul en referencia a la imagen de la Virgen María. El rosado simboliza el vestido de María y el azul su manto protector. La forma circular representa la perfección y los otros símbolos como el crucifijo, la antorcha y el libro abierto representan la presencia de Cristo y la enseñanza basada en el Evangelio.