Taller Nacional CAPFITOGEN 3 - Herramientas Representa y DIVmapas
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Este documento presenta varias herramientas desarrolladas por el programa CAPFITOGEN para analizar la diversidad genética y ecogeográfica de colecciones de germoplasma. Describe brevemente herramientas como GEOQUAL, ELCmapas, ECOGEO, Representa y DIVmapas para medir la representatividad genética y ecogeográfica de las colecciones. También presenta formas de visualizar la diversidad genética y ecogeográfica mediante análisis de agrupamiento, análisis de coordenadas principales y mapas DIV
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Taller Nacional CAPFITOGEN 3 - Herramientas Representa y DIVmapas
- 1. Herramientas CAPFITOGEN Representa, DIVmapas Mauricio Parra Quijano Coordinador Programa CAPFITOGEN
- 2. Herramientas CAPFITOGEN • GEOQUAL • ELCmapas • ECOGEO • Representa • DIVmapas • Colnucleo • FIGS_R
- 3. Representatividad genética A B C A B C A AA accggtccc accggtcgc accggtctc AB C BB AB C B AA BA A
- 4. Representatividad ecogeográfica CCC BBBBBBB A A A A B BB BBBB C Único CC Uniforme CC Proporcional
- 5. RE mediante mapas ELC Mapa ELC de Cuba Coordenadas de los datos de pasaporte y x Banco germoplasma 75 300 Cuartiles alta media alta media baja baja 200 100 50 1 25 1 2 3 4 5 6 7 Categorías ELC 8 9 10 Fuentes externas Pruebas Χ2 No. entradas % celdas Distribución total categorías mapa No. entradas Sitios donde se ha observado la especie 2 3 4 5 6 7 Categorías ELC 8 9 10 1 2 3 4 5 6 7 Categorías ELC 8 9 10 300 200 100
- 6. Herramientas CAPFITOGEN • GEOQUAL • ELCmapas • ECOGEO • Representa • DIVmapas • Colnucleo • FIGS_R
- 7. Midiendo la diversidad de las colecciones Morfológica Bioquímica/ Molecular Caracterización Agronómica/ Fisiológica/ Fitosantiaria Ecogeográfica
- 8. 11883 12470 12471 12472 12473 12483 12484 11461 12478 12479 11481 11868 2302 11869 11401 11405 11406 11407 11408 11835 11832 11833 11484 11827 11828 11542 11539 11540 12468 11891 12465 11493 11494 11508 11506 11507 11496 11492 11490 11491 11489 11501 11563 11504 11502 11503 11543 11546 11547 12474 11838 11534 11532 11533 11529 11527 11528 11535 11564 11764 11524 11523 11522 11521 11520 11519 11517 11518 11854 11841 11842 12477 12475 12476 12469 11473 11472 11471 11469 11470 11477 11474 11475 11467 11468 11516 11514 11515 12461 11848 12480 11549 12466 12462 12463 11879 11875 11872 11874 12455 12456 11480 12448 11460 11458 11459 12453 12454 12458 12459 12452 11455 11453 11452 11451 11448 1145011454 11456 11457 12464 11466 11465 11462 11464 12457 11857 11853 11852 11850 11851 12449 12450 12451 12440 11412 11410 11411 11413 11414 12436 12437 11416 12441 12438 12439 11417 11419 11431 11430 11428 11427 11426 11425 11424 11423 11421 11422 12435 11432 11433 11551 11438 11439 11550 11437 11436 11434 11435 12442 1244311556 11560 11557 11558 12444 12447 11447 12445 11445 11446 11440 11441 11444 11442 11443 11488 11482 12283 12284 11485 11487 0 5 Height 10 12467 15 Como hemos visualizado la diversidad genética Cluster analysis hclust (*, "average")
- 9. Como hemos visualizado la diversidad genética d=2 Eigenvalues PCO for genotypic characterization 0.3 178 bio_15 0.2 182 181 t_ph_h2o 184 183 t_cec_clay 193 192 81 78 77 76 120 82 85 84 83 75 t_sand 113 166 165 49 48 46 45 44 43 42 47 41 52 51 171 50 170 176 88 87 86 80 79 164 168 167 143 142 141 57 56 55 54 169 140 175 137 135 134 133 132 slope 6126 4 5125 3 127 2 163 161 162 160 74 alt 37 36 35 34 33 158 157 14 13 bio_12 152 bio_17 151 153 154 150 12 149 10 26 25 11 9 8 7 40 39 38 159 124 123 -0.3 bio_18 0.1 139 1 145 0.0 172 -0.1 bio_9 138 t_caco3 69 t_ece -0.2 bio_1 144 190 189 179 PCO 2 59 61 58 60 185 64 63 62 91 89 65 90 66 67 188 187 186 180 122 99 98 97 96 95 94 93 92 108 107 136 130 129 t_silt 128 105 104 103 102 101 100 121 106 131 109 177 173 174 X -0.2 0.0 0.2 148 PCO 1 0.4
- 10. DIV mapas Una forma diferente de visualizar la diversidad Sitios de recolección con una calidad mínima de georreferenciación
- 11. Una forma diferente de visualizar la diversidad Superposición de cuadrículas (celdas de XxX km)
- 12. Una forma diferente de visualizar la diversidad Selección de celdas donde tenemos sitios de recolección
- 13. Una forma diferente de visualizar la diversidad Detección de celdas de vecindario (a un radio del centroide de X km)
- 14. Una forma diferente de visualizar la diversidad Generación de áreas de influencia a partir de cada centroide Detección de entradas recolectadas dentro de la zona de influcencia
- 15. Una forma diferente de visualizar la diversidad Análisis multivariante/multivariado local OTU VAR1 VAR2 VAR3 VAR4 VAR5 89 233 0.56 13 600 0 233 198 1.43 13 700 0 152 201 0.88 10 600 1 Algoritmo de distancia OTU 89 233 89 0 233 10 0 152 15 14 Promedio distancia = (10+15+14)/3 = 13 152 0
- 16. Una forma diferente de visualizar la diversidad Igualmente para todas las celdas donde caen sitios de recolección
- 17. Una forma diferente de visualizar la diversidad Igualmente para las celdas vecindario
- 18. Una forma diferente de visualizar la diversidad Resultado 1: Número de entradas analizadas por celda 0 0 0 0 1 3 2 1 1 0 1 1 2 1 1 1 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0
- 19. Una forma diferente de visualizar la diversidad Resultado 2: Distancias promedio asignadas a cada celda 0 13 2 0 0 0 0 0 0 0 0 8 0
- 20. Una forma diferente de visualizar la diversidad Sesgos en la recolección? Corrección por «bootstrapping» Mediana = 2 1 2 . . . . . . n
- 21. DIV mapas aplicado Colección ecuatoriana de Arachis hipogaea L.
- 22. DIV mapas aplicado Número de sitios de Recolección por celda
- 23. DIV mapas aplicado Promedio de la distancia euclídea
- 24. Herramientas CAPFITOGEN en preparación • GEOQUAL • ELCmapas • ECOGEO • Representa • DIVmapas • Colnucleo • FIGS_R
- 25. Colnúcleo y FIGS-R Colecciónes nucleares (núcleo) ecogeográficas Mapas ELC Representatividad Alocación Disponibilidad de semillas Estrategia de identificación focalizada de germoplasma En base a información ecogeográfica Utilizará algunos parámetros del mejoramiento convencional Sistemas de filtrado y opcionalmente por modelación En cooperación con proyecto PGR secure (VII programa marco – UE)