La ciudad de Loja tuvo dos fundaciones, la primera en 1546 en el valle de Garrochamba y la segunda en 1548 en el valle de Cuxibamba por el Capitán Alonso de Mercadillo. Loja se convirtió en la capital de la Gobernación del Yaguarzongo y una ciudad fortaleza desde donde salían los conquistadores. En el siglo XVIII, Loja contaba con 16 pueblos bajo su jurisdicción y era próspera gracias a la explotación del oro en Zamora y Yaguarzongo, aunque luego se consolidó la