El Tren de la Naturaleza es un programa educativo que lleva a los participantes en tren desde Cercedilla hasta Los Cotos en la Sierra de Guadarrama, donde realizan una ruta guiada por monitores ambientales para aprender sobre la flora, fauna y paisajes del Parque Natural de Peñalara. El programa incluye actividades en la estación de Cercedilla, el viaje en tren, la caminata interpretativa y el regreso en tren, dirigido a escolares y público general los jueves y viernes.