1. TALLER DE BIOINFORMATICA
BÚSQUEDA DE SIMILARIDAD EN BASES DE DATOS DE SECUENCIAS
Presentado por: KatherineCorrales bravo
Descripción de páginas:
BLAST NCBI
Es otra herramienta del ncbi llamada BLAST (Basic Local Alignment) la cual
encuentra las regionesde similitudlocal entresecuencias de proteínas o de
nucleótidos según sea el caso, y calcula la significación estadística de la
similitud entre la secuencia a observar con otras que se encuentre en la red.
También se usa parainferir las relaciones evolutivas entre las especies,
identificando miembros con linajes cercanos por medio técnicas
bioinformáticas que le proporciona al investigador practicidad y rapidez a la
hora de desarrollar sus investigaciones.
Expasy/ blast
Esta base de datos pertenece al instituto suizo de bioinformática, y funciona
ingresando el número de acceso de la proteína de interés y además
podemos elegir el programa blast indicado a nuestra búsqueda como blastn,
blastx, blastp entre otros. Además la búsqueda se puede hacer por grupos
taxonómico como bacterias, virus,fungí eucariota, metazoa, mamalia,

2. rodentia,Etc. que da estadísticas precisas en relación de similitud con la
especie; la información se puede enviar por correo. Ha y la opción de una
búsqueda avanzada, por categorías como las mejores alineaciones,
alineación de huecos entre otros.
Ch-EMBnet.org
Ofrece al investigador la posibilidad de elegir entre blastn, blastx y blastp. Se
pega la secuencia de proteínas que se quiera compara y esta la opción de
dejar el correo electrónico para enviarle los resultados correspondientes y
hay la opción de buscar en bases de datos de nucleótidos y proteínas.

3. NCBI BLAST
El objetivo de esta herramienta es por medio de la comparación de
secuencias encontrar regiones de similitud de secuencia que le indican al
investigador pistas funcionales y evolutivas sobre la estrctura y función de
una nueva secuencia. Se puede elegir varias bases de datos para mejorar la
búsqueda como UniProtKnowledgebase, UniProtKB/Swiss-Prot,
UniProtKB/Swiss-Protisoforms, UniProtKB/TrEMBL entre otras.
Ab blast
Por medio de una seria de algoritmos especiales, es uno de los más rápidos
y actualizados buscadores sin requisitos especiales de software, o
restricciones de uso. También tiene las opciones de BLASTP, BLASTN,
BLASTX, TBLASTN, y TBLAST. Identifica los errores cuanto antes y ahorra
tiempo.

4. Brassica BLAST server:
El servicio se lleva a cabo por WU-BLAST2.0, según el parámetro que mejor
convenga al investigador se escojeblastx, blastp y blastn, ademas de vaias
bases de datos en las sé que pueden mejorar el sentido de la búsqueda. Se
puede elegir el número de alineaciones, y el score respectivo de las
secuencias.
JCBI CMR
Es una herramienta que permite al investigador u acceso a todas las
secuencias del genoma bacteriano, o cualquier subconjunto de ellos. Al igual
que el resto de herramientas biotecnológicas que hemos visto este también
tiene muchas bases de datos en la cual puedo mejorar el sentido de mi
búsqueda además de dar las alineaciones entre secuencias.

5. DDBJ
Es una herramienta muy completa en la cual el investigador tiene la
posibilidad de elegir entre el número de alineamiento que desea, el número
de escores, si tiene filtro o no y demás detalles de la clasificación taxonómica
del organismo a analizar.
http://blast.ddbj.nig.ac.jp/blastn?lang=en
1) BLASTP EN EL NCBI
Para poder analizar las proteínas descargamos el formato fasta que
me brinda la secuencia de aminoácidos de la proteína a analizar.

6. En esta grafica vemos que tiene 4 proteínas que conserva mucha similitud
con la proteína de nuestro interés mientas que ahí michas que se van
alejando mas pero que de igual forma nos puede proporcionar información
en un caso dado como la rojo, morado y verde. Son de relativa confiabilidad.

7. El listado amplia la información de la gráfica no dice los porcentajes exactos
de la similitud entre secuencias, el nombre de las proteínas afines y además
el valor de E value, que indica que entre menos valor más relacionada es la
secuencia como se puede evidenciar son las secuencias de las líneas rojas
que son casi idénticas, con la proteína de interés. Se concluye que nuestra
secuencia es muy similar con Es similar a la proteína, el score que es la
medida estadística del aproximado que se tiene en común ambas
secuencias. De las proteínas C 23.

8. El blast nos muestra la estructura exacta de las secuenecias de aminoacidos
mas similares con nuestra secuencia.
Y ademas su grafica. Como podemos evidenciar la imagen de las dos
secuencias son casi identicas

9. 2) BLASTP EN EMBnet
Este buscador es muy similar al del ncbi con la direncia en que en el
ncbi el resultado menos confiable era el negro aquí es el azul,y
basicamente lo que tenemos en la grafica son 2 proteinas que tiene
sus secuencias casi identicas con la de la proteina estudiada y son
NUCL_MOUSE y NUCL_KAT.

10. Ademas me brinda la posibilidad de ver mas claramente los linajes cercanos
con la ayuda de algoritmos que acomodan las proteinas en un mapa a modo
de arbol que facilita el analisis deacuerdo a la similitud de estas.
http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/blast/treeview/treeView.cgi?request=page&blastR
ID=RX1WCVS9015&queryID=lcl|62612&distmode=on&entrezLim=&ex=&exl=
&exh=&ns=100&screenWidth=1280&screenHeight=1024

11. Con ayuda del blast de NCBI puedo comparar como varia la misma
secuencia en ambos buscadores ya estas trabajan con distintos algoritmos .

12. En ambos buscadores las secuencias arrojan resultado idéntico.
3http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=tblastn&BLAST_PROGR
AMS=tblastn&PAGE_TYPE=BlastSearch&SHOW_DEFAULTS=on&LINK_LO
C=blasthome