El ARN ribosomal 16S (ARNr 16S o 16S rRNA) es el componente de la subunidad menor (30S) de los ribosomas procariotas que se une a la secuencia de Shine-Dalgarno. Los genes que lo codifican son conocidos como genes del ARNr 16S, y se utilizan para la reconstrucción de filogenias debido a sus bajas tasas de evolución.

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ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERIA AMBIENTAL
INFORME N°1
ANALISIS DE SECUENCIA DEL GEN 16S
CURSO:
BIOTECNOLOGIA
ESTUDIANTE:
ANYULIA VALEZKA TORRES SOSA
DOCENTE:
Dr. HEBERT H. SOTO GONZALES
FECHA Y LUGAR:
ILO, PERU- 18/09/21

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INDICE
Contenido
INTRODUCCION...............................................................................................................3
OBJETIVOS......................................................................................................................5
OBJETIVO GENERAL...................................................................................................5
OBJETIVOS ESPECIFICOS .........................................................................................5
MARCO TEORICO............................................................................................................6
 ARN RIBOSOMAL 16S ..........................................................................................6
 BLAST.....................................................................................................................6
 ALINEACION DE SECUENCIAS DEL ADN ..........................................................7
 CROMATOGRAMA................................................................................................7
 BIODETID ...............................................................................................................7
MATERIALES Y EQUIPOS ..............................................................................................8
METODOLOGIA................................................................................................................8
RESULTADOS................................................................................................................10
CONCLUSIONES............................................................................................................14
ANEXOS..........................................................................................................................15

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INTRODUCCION
Las nuevas tecnologías de secuenciación y capacidades analíticas han estimulado el
estudio de las comunidades microbianas de ambientes específicos, lo cual ha
permitido conocer la complejidad de estos sistemas. El gen ARNr 16S ha demostrado
ser de gran utilidad para describir y caracterizar las comunidades microbianas
marinas, especialmente los organismos no cultivados. Las nuevas técnicas de
secuenciación han contribuido al incremento exponencial de registro de secuencias,
aunque parciales, del ARNr 16S como elemento de código de barras para
microorganismos. Consecuentemente, ha sido necesaria una revisión de conceptos y
métodos de clasificación taxonómica para estos organismos. El manejo y análisis de
una gran cantidad de información génica han impulsado el desarrollo de bases de
datos específicas, algoritmos y herramientas computacionales especializadas para
comparar miles de secuencias semejantes y hacer la asignación taxonómica. Por lo
tanto, las secuencias completas del ARNr 16S son necesarias para una asignación

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taxonómica certera y reproducible en los estudios de comunidades microbianas
marinas. Para poder elaborar este informe use el programa Bioedit este es un
programa gratuito para edición de alineamientos y análisis de secuencias que funciona
únicamente sobre ambiente MS/Windows. Es, sin lugar a duda, uno de los progrmas
más conocidos para edición de secuencias para dicho sistema operativo. BioEdit
cuenta con varias herramientas que van desde la creación de alineamientos hasta la
anotación de plásmidos. En esta oportunidad utilizaremos este programa para
manipular parcialmente nuestro alineamiento recién creado.

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OBJETIVOS
OBJETIVO GENERAL
• Revisar los fundamentos de las técnicas de secuenciación de ácidos nucleicos
OBJETIVOS ESPECIFICOS
• Efectuar el análisis y la selección de electroferogramas automatizados de
secuenciación
 Manejar la aplicación de software libre BIOEDIT en específic
estudio del gen ribosomal 16S.

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MARCO TEORICO
 ARN RIBOSOMAL 16S
El ARN ribosomal 16S (ARNr 16S o 16S rRNA) es el componente de la subunidad
menor (30S) de los ribosomas procariotas que se une a la secuencia de Shine-
Dalgarno. Los genes que lo codifican son conocidos como genes del ARNr 16S, y se
utilizan para la reconstrucción de filogenias debido a sus bajas tasas de evolución.Carl
Woese y George E. Fox fueron dos de los pioneros que se basaron en las variaciones
del 16S rRNA para establecer filogenias. (articulo, s.f.)
Pueden existir múltiples secuencias del gen 16S rRNA en una misma bacteria.
 BLAST
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) es un programa informático
de alineamiento de secuencias de tipo local, ya sea de ADN, ARN o de proteínas. El
programa es capaz de comparar una secuencia problema (también denominada en la
literatura secuencia query) contra una gran cantidad de secuencias que se encuentren
en una base de datos. El algoritmo encuentra las secuencias de la base de datos que
tienen mayor parecido a la secuencia problema. Es importante mencionar que BLAST
usa un algoritmo heurístico por lo que no nos puede garantizar que ha encontrado la
solución correcta. Sin embargo, BLAST es capaz de calcular la significación de sus
resultados, por lo que nos provee de un parámetro para juzgar los resultados que se
obtienen.
Normalmente el BLAST es usado para encontrar probables genes homólogos. Por lo
general, cuando una nueva secuencia es obtenida, se usa el BLAST para compararla
con otras secuencias que han sido previamente caracterizadas, para así poder inferir
su función. El BLAST es la herramienta más usada para la anotación y predicción
funcional de genes o secuencias proteicas. Muchas variantes han sido creadas para
resolver algunos problemas específicos de búsqueda.
BLAST es desarrollado por los Institutos Nacionales de Salud del gobierno de EE. UU.,
por lo que es de dominio público y puede usarse gratuitamente desde el servidor
del Centro Nacional para la Información Biotecnológica (NCBI). También está
disponible para ser instalado localmente. Algunas ventajas de usar el servidor
del NCBI son que el usuario no tiene que mantener ni actualizar las bases de datos y
que la búsqueda se hace en un cluster de computadoras, lo que otorga rapidez. Las
desventajas son: no se permiten hacer búsquedas masivas dado que es un recurso
compartido, no se puede personalizar las bases de datos contra la que busca el

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programa, y las secuencias son enviadas al servidor del NCBI sin ningún tipo de
cifrado, lo que puede ser un problema para quienes quieran mantener sus secuencias
privadas. La aplicación local de BLAST tiene la ventaja de que permite manejar varios
parámetros que en las búsquedas de NCBI están estandarizados, por lo que provee
una mayor flexibilidad para los usuarios avanzados. (WIKIPEDIA, 2011)
 ALINEACION DE SECUENCIAS DEL ADN
Las secuencias de ADN y proteína definen la función de las proteínas en los seres
vivos. Cuando más similares sean dos secuencias más similares tenderán a ser las
funciones de las proteínas codificadas por ellas. Las secuencias de un mismo gen en un
conjunto de especies serán más distintas cuanto más alejadas filogenéticamente estén
las especies comparadas. Normalmente dos secuencias tienen una alta similitud porque
son homólogas, es decir comparten un ancestro común. (Cañizares, Blanca, & Ziarsolo)
 CROMATOGRAMA
Un cromatograma es una representación gráfica o de otro tipo de la respuesta del
detector, de la concentración del o los analitos en el efluente u otra cantidad usada
como una medida de concentración en el efluente en función del volumen de este o
del tiempo. En la cromatografía planar se puede usar el término, cromatograma para
referirse al papel o capa con las zonas separadas. La Figura 1 representa una
separación cromatográfica típica de dos sustancias, 1 y 2. tR1 y tR2 son los tiempos
de retención respectivos; y h es la altura, h/2 la mitad de la altura y Wh/2 el ancho del
pico a la mitad de la altura. W1 y W2 son los anchos de los picos 1 y 2,
respectivamente, en la línea base. Los picos de aire son una característica de los
cromatogramas de gases y corresponden al frente de la fase móvil en la cromatografía
de líquidos. El tiempo de retención de estos picos de aire o componentes no retenidos
se denomina tM. (ANMAT,s.f.)
 BIODETID
BioEdit es un editor de alineación de secuencia biológica escrito para Windows 95/98 /
NT / 2000 / XP / 7. Una interfaz intuitiva de documentos múltiples con características
convenientes hace que la alineación y la manipulación de secuencias sean
relativamente fáciles en su computadora de escritorio. Varias opciones de análisis y
manipulación de secuencias y enlaces a programas de análisis externos facilitan un
entorno de trabajo que le permite ver y manipular secuencias con simples operaciones
de apuntar y hacer clic. (MEJORSOFTWARE, s.f.)

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MATERIALES Y EQUIPOS
 Software Bioedit
 Programa Blast
 Cuadro de Excel
 Laptop
 Secuencias del Gen 16S
METODOLOGIA
1. En primerlugarya debemosde tenerel programainstalado
2. Ir a Excel y crear una tabla,de la sgte manera:
3. Ir a la carpeta de secuencias(que el docentenospaso)
4. Una vez ubicadalacarpeta, abrirlay empezaratrabajar muestrapor muestra( una
por una).
5. Hacemosclicken laprimeray gracias al programa bioeditpodemosanalizarel
cromatograma,verificarsi lasecuenciaesbuena,malao regular.
6. Verificaciónde lasecuencia

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7. Luegonos vamosa FILE, hacemosclick en EXPOTARFASTA,ponemosde nombre el
códigocon el que aparece enla carpeta de secuenciayloguardamosen unacarpeta
(solopara estassecuenciayasi no confundirnos).
8. Una vez guardadoeste archivo,vamosa buscarloy loabrimoscon el Blockde Notas.
9. Seleccionamostodalasecuencia,copiamosylapegamosenel programaNCBI-BLAST
10. Una vez copiadalasecuencia,bajamosyle damosclickenBLAST y asi
automáticamente se haraunanálisis,parabotar losresultados.
11. Los resultados serán,lalongitudotamañode la muestra,el organismoonombre
científicoyel porcentaje de identidad.

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12. Para finalizar,ahorapasaremostodoslosdatosa la tablade Excel y asi sucesivamente
se hace con cada una de las secuencias.
RESULTADOS
TABLA DE EXCEL CON RESULTADOS DE TODAS LASSECUENCIAS

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CODIGO
CANTIDAD DE LA SECUENCIA TAMAÑO DE LA
SECUENCIA
ORGANISMO
% IDENTIDAD
BUENA MALA REGULAR ESPECIE ESTADO
01_419NZ_A01_01 X 950 NEGATIVO
02_526NZ_B01_03 X 877 Klebsiella variicola 86.71%
03_419AZ_C01_05 X 895 Klebsiella sp. MPUS7 97.35%
04_88NZ_D01_07 X 872 Klebsiella pneum 94.39%
05_88AZ_E01_09 X 839 Klebsiella pneumoniae 93.07%
06_526Y1_F01_11 X 989 Klebsiella pneumoniae 95.91%
07_419Y1_G01_13 X 980 Enterobacter sp. WF14-6 98.61%
08_375H_H01_15 X 1002 NEGATIVO
09_419YZ_A02_02 X 896 Enterobacter sp. CB7 95.81%
10_88H_B02_04 X
971
endosymbiont of
Sphenophorus levis
72.46%
11_375NZ_C02_06 X 976 uncultured bacteriu 75.43%
12_526YZ_D02_08 X 880 Klebsiella sp. BR3357 0.9525
13_483NZ_E02_10 X 891 Enterobacter sp. 88.89%
14_483H_F02_12 X 947 Enterobacter horm 88.47%
15_456NZ_G02_14 X 903 Bacillus thuringiensis 91.54%
01_E03_01 X 942 Kosakonia radicincitans 81.90%
02_B03_03 X 1024 NEGATIVO
03_C03_05 X 997 Klebsiella variicola 75.12%
04_D03_07 X 983 Kosakonia oryzae 81.30%
05_E03_09 X 921 Enterobacter sp. 89.23%
06_F03_11 X 1347 NEGATIVO
07_G03_13 X 1185 NEGATIVO
08_H03_15 X 991 NEGATIVO
09_A04_02 X 1163 NEGATIVO

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10_B04_04 X
964
uncultured Treponema
clone RsDiSp8
77.06%
11_C04_06 X 959 NEGATIVO
12_D04_08 X 860 NEGATIVO
13_E04_10 X 928 Pantoea stewartii 71.86%
14_F04_12 X 977 Pantoea deleyi 75.82%
15_G04_14 X 944 Klebsiella sp. 88.22%
16_H04_16 x 959 Kosakonia sacchari 77.42%
1Y2_F04_12 x 984 Kosakonia radicin 79.20%
2Y2_G04_14 X 1005 Herbaspirillum sp. 86.75%
3Y2_H04_16 X 1006 Klebsiella sp. MB42 79.04%
17_A04_02 X 1056 Rhizobium lusitanum 71.09%
18_B04_04 X 951 Enterobacter sp. 78.88%
19_C04_06 X 1116 Pseudomonas jessenii 67.07%
20_D04_08 X 949 Klebsiella pneumoniae 73.80%
21_E04_10 X 866 uncultured bacterium 74.24%
A07_1H_01 X 978 NEGATIVO
A08_9H_02
X
908
Herbaspirillum
seropedicae
91.51%
A09_1_01 X 1007 Pseudomonas sp. 82.08%
A10_9_02 X 925 uncultured bacterium 87.70%
B07_2H_03 X 1163 NEGATIVO
B08_10H_04 X 944 NEGATIVO
B09_2_03 X 958 Leclercia adecarboxylata 85.62%
B11_18_03 X 939 Klebsiella oxytoca 84.01%
C07_3H_05 X 1020 NEGATIVO
C08_11H_06 X 993 NEGATIVO

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C09_3_05 X 963 Enterobacter sp. NA10140 92.53%
C10_11_06 X 965 Enterobacter sp. NA10140 92.51%
C11_19_05 X 350 NEGATIVO
D07_4H_07 X 928 uncultured bacteri 90.18%
D08_12H_08 x 800 Staphylococcus sp. US-13 84.27%
D09_4_07 x
983
Phytobacter
diazotrophicus
88.43%
D10_12_08 X 986 Pseudomonas putida 81.82%
E07_5H_09 X 926 NEGATIVO -
E08_13H_10 X
932
Paraburkholderia
silvatlantica
79.97%
E09_5_09 x 981 Enterobacter horm 85.02%
E10_13_10 X 1057 uncultured bacterium 67.47%
F07_6H_11 X 915 Enterobacter ludw 95.89%
F09_6_11 X 956 Klebsiella sp. 81.75%
F10_14_12 X 1204 NEGATIVO -
G07_7H_13 X 931 Enterobacter sp. ICBR 189 91.07%
G09_7_13 X
935
uncultured Enterobacter
sp.
73.78%
G10_15_14 X 950 Enterobacter asburiae 93.40%
H07_8H_15 X 1101 NEGATIVO -
H09_8_15 X 1262 NEGATIVO -
H10_16_16 X 948 Enterobacter sp. IICDBZ9 84.42%

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CONCLUSIONES
Se llegoa unaconclusiónque el programaBIOEDIT es un editor de alineación de secuencias
biológicas, funcionapara poderverlassecuenciascromatograficasyasi poderdeterminaren
que estadose encuentralamuestra.
Tambiéngraciasal NCBI-BLAST yaque este sirve para poderalmacenaryactualizar
constantemente lainformaciónsobre lasecuenciagenética,pudimossaberel tipode
microorganismode cadamuestra,comotambiénsuporcentaje ytamaño.

15. UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA
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ANEXOS
ANEXO 1
FUENTE: A07_1H_01
ANEXO 2
ANEXO 3
FUENTE: A10_9_02
FUENTE: B07_2H_03

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ANEXO 4
ANEXO 5
FUENTE: A08_9H_02
FUENTE: A09_1_01