La Academia San Juan Diego fue creada en 1999 por el Arzobispo de Yucatán para estudiar y difundir los documentos del Magisterio de la Iglesia Católica. La Academia se reúne quincenalmente para recibir formación sobre temas como la Biblia, el Magisterio papal y episcopal, y los documentos de los concilios y conferencias episcopales. Apoya la enseñanza de la doctrina a través de conferencias, artículos y su página web.