El sistema de archivos de Linux organiza los archivos y directorios en una estructura jerárquica con directorios raíz como /bin, /boot, /dev, /etc, /home, /lib, /lost+found, /mnt, /proc, /root, /sbin, /tmp, /usr, y /var. Los comandos básicos como ls, cd, cp, mv, cat, head, pwd, rm, mkdir, rmdir se usan para navegar entre directorios, listar, copiar, mover y eliminar archivos. Las aplicaciones se pueden instalar usando el Centro de software