El Comité de Auditoría del INFONAVIT se integra de forma tripartita y supervisa que los recursos y operaciones se realicen de acuerdo a la ley. Propone lineamientos de control interno y verifica el programa de auditoría anual. El auditor externo, designado por el Consejo de Administración, emite un dictamen anual sobre la situación financiera del INFONAVIT.