Las tres principales causas de contaminación del río Quilcay son: 1) la basura de vendedores ambulantes y del mercado que es arrojada al río, 2) los 24 desagües de aguas servidas de casas aledañas que desembocan en el río a lo largo de 2 km, y 3) la descarga directa de aguas residuales de la ciudad al río sin tratamiento adecuado.