El presupuesto de la Corte Europea de Derechos Humanos forma parte del presupuesto general del Consejo de Europa y debe ser aprobado por el Comité de Ministros. En 2013, el presupuesto de la Corte ascendió a 66.8 millones de euros, cubriendo los salarios de jueces y personal, gastos de funcionamiento como tecnología, viajes, traducción e interpretación, y una oficina se encarga de la gestión diaria del presupuesto bajo la autoridad del Secretario.