Usando de forma segura R vía web con Tiki. Xavier de Pedro*, Àlex Sanchez Departamento de Estadística Universitdad de Barcelona http://estbioinfo.stat.ub.es Xavier.dePedro@ub.edu 1) Nuestras necesidades 2) GUI's Web para R 3) Tiki y el nuevo PluginR 4) Ejemplos y casos de uso 5) Trabajo futuro

1. II Jornadas de Usuarios de R
Usando de forma segura R
vía web con Tiki
Xavier de Pedro*, Àlex Sanchez
Departamento de Estadística
Universitdad de Barcelona
http://estbioinfo.stat.ub.es
Xavier.dePedro@ub.edu

2. Introducción
(1) Nuestras necesidades
(2) GUI's Web para R
(3) Tiki y el nuevo PluginR
(4) Ejemplos y casos de uso
(5) Trabajo futuro
”Usando de forma segura R vía web con Tiki”.
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Xavier de Pedro, Àlex Sánchez, 1-2/12/10

3. (1) Nuestras necesidades

Uso y edición vía web de rutinas en R

Herramienta o plataforma:

Software libre, multi-plataforma y multi-navegador.

Software suficientemente maduro y mantenido.

Con documentación suficientemente extensiva



Con tecnología estándar y extensible por nosotros
o bajo encargo a otras compañías o consultores
Suficientemente versátil (amortizar energías en
curva de aprendizaje para otros fines también)
Generación de informes de R fáciles y rápidos
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4. (2) GUI's Web para R

Bastantes vía R FAQ (en teoría)


http://cran.r-project.org/doc/FAQ/R-FAQ.html#R-Web-Interfaces
Mayoría:

Obsoletas o no mantenidas (riesgo a medio plazo)

Demasiado complicadas, cuanto menos

O sencillamente ya no funcionan (!)

Opinión personal coincide con Revisión de Neil
Saunders (comunicación personal en su blog (3))
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5. (3) Tiki y el nuevo PluginR

”Tiki”: Tiki Wiki CMS/Groupware – http://tiki.org

PHP, MySQL, Zend, Jquery, Smarty – GNU/LGPL

”Tightly Integrated Knowledge Infrastructure”

Wiki, Blogs, Trackers (BBDD), Foros, Mapas, … (!)

Plugins integrados (actualizaciones fáciles)


Software al estilo Wikipedia, Premios, SVN,
Comunidad abierta, Documentación, ...
PluginR

Extensión de Tiki para ejecturar comandos R en
servidor y mostrar la salida en pàginas Wiki
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6. (3) Tiki y el nuevo PluginR
”Usando de forma segura R vía web con Tiki”.
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7. (4) Ejemplos y casos de uso

Ejemplo 1: texto

PluginR (sin validación)
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8. (4) Ejemplos y casos de uso

Ejemplo 2: gráficos

PluginR (sin validación)
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9. (4) Ejemplos y casos de uso

Ejemplo 3: gráficos con comandos ”peligrosos”

PluginR (sin validación)
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10. (4) Ejemplos y casos de uso

Ejemplo 4:
gráficos con
comandos
”peligrosos”

PluginRR
(CON validación)
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11. (4) Ejemplos y casos de uso

Ejemplo 4:
gráficos con
comandos
”peligrosos”

PluginRR
(Validación por
admins)
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12. (4) Ejemplos y casos de uso

Caso 1:

Rutina R en
página Wiki, y
archivo con
datos a
procesar
subidos por
formulario
(tracker)
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13. (4) Ejemplos y casos de uso

Caso 1:


Informe
mostrado al
usuario tras
subir archivo
de datos
a tiempo real,
procesado por
R en servidor
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14. (4) Ejemplos y casos de uso

Caso 1: Pàgina wiki con formulario y listado

Sintaxis breve y sencilla (ayuda javascript). Plugins
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15. (4) Ejemplos y casos de uso

Caso 1: Página wiki con el informe

Combinación de sintaxis Wiki y R
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16. (4) Ejemplos y casos de uso

Trackers: Gestión de registros...
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17. (4) Ejemplos y casos de uso

Trackers: … y gestión de campos, entre otros.
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18. (4) Ejemplos y casos de uso

Caso 2:


Creación y
edición archivos
de parametros
para rutinas de
R vía web.
Análisis de
Pipelines de
Microarrays
(Bioinformática)
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19. (5) Trabajo futuro


Implementar opción de sesiones persistentes
para aumentar eficiencia en el uso de memòria
de servidor cada vez que se visualiza una
página Wiki que contiene scripts de R.
¿Colaborar con otros que quieran usarlo?

software libre, desarrollado con recursos públicos,
con modelo de desarrollo de tipo Wiki (~ Wikipedia)
…

http://doc.tiki.org/PluginR

http://dev.tiki.org/PluginR
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20. Agradecimientos

Generalitat de Catalunya-CUR (2009SGR932)

Proyecto “Traces” (REDICE – U. Barcelona)


Comunidad Tiki, en especial:


Artur Carnicer, Jordi Cuadros, Miquel Calvo, y
Antonio Miñarro (+Xavier de Pedro)
Rodrigo Sampaio, Luciash d’being, Louis-Philippe
Huberdeau, Sylvie Greverend y Jonny Bradley
Compañeros de la lista ”R-help-es”

Carlos J. Gil Bellosta, Miguel Angel Rodriguez
Muinos y M. Cassin
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