El citoplasma de las células eucariotas presenta un sistema de endomembranas que incluye el retículo endoplasmático rugoso y liso, y el aparato de Golgi, los cuales facilitan el transporte y modificación de proteínas y lípidos. El retículo endoplasmático rugoso está involucrado en la síntesis de proteínas, mientras que el retículo liso se encarga de la síntesis de lípidos y detoxificación. Los lisosomas, originados en el aparato de Golgi, contienen enzimas para la digestión celular, y las vacuolas en las células vegetales cumplen funciones de almacenamiento y mantenimiento de la presión de turgencia.